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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eue | ||||||
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タイトル | Structural and mechanistic studies of a novel non-heme iron epimerase/lyase and its utilization in chemoselective synthesis. | ||||||
要素 | Cupin domain-containing protein | ||||||
キーワード | ISOMERASE / non-heme iron epimerase/lyase | ||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-OXOPROPANOIC ACID / : / Cupin domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces albus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08757062717 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T.L. / Li, Y.S. / Chen, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Structural and Mechanistic Bases for StnK3 and Its Mutant-Mediated Lewis-Acid-Dependent Epimerization and Retro-Aldol Reactions. 著者: Chen, M.H. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Wang, Y.L. / Wang, Z.C. / Chang, C.F. / Lin, J.P. / Chang, C.Y. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eue.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eue.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eue.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eue_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eue_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eue_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eue_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eue | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13831.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: stnK3, G3260_000576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7PIL3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.2 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.087→30 Å / Num. obs: 18506 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 30.9923688362 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 26.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.16 Å / Num. unique obs: 1823 / Rsym value: 0.593 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J4C 解像度: 2.08757062717→28.9777017687 Å / SU ML: 0.23146833389 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35884687413 / 位相誤差: 22.7555591467 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.0567027247 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08757062717→28.9777017687 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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