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- PDB-7eta: Crystal structure of AbHpaI-Co-pyruvate complex, Class II aldolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eta
タイトルCrystal structure of AbHpaI-Co-pyruvate complex, Class II aldolase, HpaI from Acinetobacter baumannii
要素4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
キーワードLYASE / TIM barrel / aldehyde lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase / : / phenylacetate catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRUVIC ACID / 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsCrystal structure of AbHpaI-Zn-pyruvate complex, a class II aldolase, HpaI from Acinetobacter baumannii
データ登録者Watthaisong, P. / Binlaeh, A. / Jaruwat, A. / Chaiyen, P. / Chitnumsub, P. / Maenpuen, S.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (Thailand)P16-52034 タイ
Vidyasirimedhi Institute of Science and Technology (VISTEC) タイ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Catalytic and structural insights into a stereospecific and thermostable Class II aldolase HpaI from Acinetobacter baumannii.
著者: Watthaisong, P. / Binlaeh, A. / Jaruwat, A. / Lawan, N. / Tantipisit, J. / Jaroensuk, J. / Chuaboon, L. / Phonbuppha, J. / Tinikul, R. / Chaiyen, P. / Chitnumsub, P. / Maenpuen, S.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
B: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
C: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,74910
ポリマ－86,2683
非ポリマー4817
水9,206511
1
A: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
B: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
C: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
B: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
C: 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,49820
ポリマ－172,5356
非ポリマー96214
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area27640 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.359, 90.323, 86.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase


分子量: 28755.910 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: hpaI, FD887_17235 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A5R9HKL3, 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 288 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: CaCl2, MPD, Na acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 75599 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.732 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.974.20.2674260.9080.140.2970.42397.7
1.97-2.056.10.19275250.9750.0840.210.372100
2.05-2.147.30.15475210.9860.0610.1660.476100
2.14-2.258.70.13875450.9920.050.1470.584100
2.25-2.399.80.11775530.9950.040.1240.559100
2.39-2.589.90.09375540.9970.0310.0980.551100
2.58-2.84100.07875800.9980.0260.0820.647100
2.84-3.2510.10.06475730.9980.0210.0670.847100
3.25-4.0910.10.04876280.9990.0160.0511.117100
4.09-309.80.04176940.9990.0140.0431.27599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PROTEUM PLUSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ET8

7et8


解像度: 1.9→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.183 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1834 8077 10 %RANDOM
Rwork0.1565 ---
obs0.1591 72968 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.15 Å2 / Biso mean: 14.675 Å2 / Biso min: 8.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.04 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5781 0 22 511 6314
Biso mean--11.76 20.67 -
残基数----759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.627971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4751.57413131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3125756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20324.286273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.915151041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4291524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021086
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 555 -
Rwork0.245 4864 -
all-5419 -
obs--89.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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