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万見
- PDB-7et0: Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7et0
タイトルCrystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors CinA and CinB from wPip
要素
  • Bacteria factor A
  • Bacteria factor B
キーワードPROTEIN BINDING / Wolbachia / Nuclease / Antitoxin / Toxin
機能・相同性Uncharacterized protein / ANK_REP_REGION domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insights into the complexes formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors.
著者: Xiao, Y. / Chen, H. / Wang, H. / Zhang, M. / Chen, X. / Berk, J.M. / Zhang, L. / Wei, Y. / Li, W. / Cui, W. / Wang, F. / Wang, Q. / Cui, C. / Li, T. / Chen, C. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / ...著者: Xiao, Y. / Chen, H. / Wang, H. / Zhang, M. / Chen, X. / Berk, J.M. / Zhang, L. / Wei, Y. / Li, W. / Cui, W. / Wang, F. / Wang, Q. / Cui, C. / Li, T. / Chen, C. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / Huang, J. / Wang, W. / Wang, Z. / Hochstrasser, M. / Yang, H.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteria factor B
B: Bacteria factor A
C: Bacteria factor B
D: Bacteria factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,8564
ポリマ－273,8564
非ポリマー00
水2,270126
1
A: Bacteria factor B
B: Bacteria factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9282
ポリマ－136,9282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area42950 Å2
手法PISA
2
C: Bacteria factor B
D: Bacteria factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9282
ポリマ－136,9282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.805, 87.118, 92.215
Angle α, β, γ (deg.)111.270, 90.970, 114.670
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...
21(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...
12(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...
22(chain D and ((resid 3 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSMETMET(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA6 - 166 - 16
121ARGARGARGARG(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA1717
131ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA4 - 6944 - 694
141ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA4 - 6944 - 694
151ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA4 - 6944 - 694
161ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 16 or (resid 17...AA4 - 6944 - 694
211LYSLYSGLNGLN(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC6 - 286 - 28
221LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC2929
231LYSLYSASPASP(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC6 - 7006 - 700
241LYSLYSASPASP(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC6 - 7006 - 700
251LYSLYSASPASP(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC6 - 7006 - 700
261LYSLYSASPASP(chain C and (resid 6 through 28 or (resid 29...CC6 - 7006 - 700
112SERSERASPASP(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB3 - 1103 - 110
122LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB111111
132GLUGLUILEILE(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB2 - 4162 - 416
142GLUGLUILEILE(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB2 - 4162 - 416
152GLUGLUILEILE(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB2 - 4162 - 416
162GLUGLUILEILE(chain B and (resid 3 through 110 or (resid 111...BB2 - 4162 - 416
212SERSERSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD33
222SERSERSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 4153 - 415
232SERSERSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 4153 - 415
242SERSERSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 4153 - 415
252SERSERSERSER(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 4153 - 415

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Bacteria factor B


分子量: 84330.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens (strain wPip) (バクテリア)
株: wPip / 遺伝子: WP0295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CP74
#2: タンパク質 Bacteria factor A


分子量: 52597.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens (strain wPip) (バクテリア)
株: wPip / 遺伝子: WP0294 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CP73
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: batch mode
詳細: buffer A (0.2M L-Proline, 0.1M Hepes pH 7.5, 24% w/v polyethylene glycol 1500) : buffer B (0.1M citric acid pH 3.5, 34% v/v polyethylene glycol 200) = 4:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.194→50 Å / Num. obs: 109042 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.668 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.246.31.38153170.8240.5681.4990.595
2.24-2.286.61.13253030.2390.4691.230.72594.9
2.28-2.327.10.97552790.7440.3821.050.45194.1
2.32-2.378.20.83754750.8440.3050.8920.45897.4
2.37-2.428.60.7454280.8940.2640.7870.47597.5
2.42-2.488.70.6254850.9170.2190.6590.48297.5
2.48-2.548.70.53454540.9230.1890.5670.50197.4
2.54-2.618.70.43254790.9560.1530.4590.53197.5
2.61-2.698.60.37354590.9580.1340.3970.60397.3
2.69-2.778.30.28354430.9740.1030.3020.62896.7
2.77-2.878.30.23253170.9790.0850.2470.69395.5
2.87-2.9990.19155390.9870.0670.2030.77198.3
2.99-3.1290.15855010.9890.0550.1680.89898.3
3.12-3.298.90.12855280.9920.0450.1361.12398.3
3.29-3.498.80.11454800.9920.040.1211.42697.7
3.49-3.768.20.154310.9930.0370.1061.79296.9
3.76-4.149.10.0955420.9950.0310.0952.07599
4.14-4.7490.08555440.9950.030.0912.81698.9
4.74-5.978.50.09154750.9910.0330.0974.14297.7
5.97-508.70.10555630.9580.0390.11211.00498.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIXモデル構築
AutoSol位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.328 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 31.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1946 1.84 %
Rwork0.219 103724 -
obs0.2195 105670 93.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.21 Å2 / Biso mean: 62.1013 Å2 / Biso min: 29.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16981 0 0 126 17107
Biso mean---50.52 -
残基数----2158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6013X-RAY DIFFRACTION8.369TORSIONAL
12C6013X-RAY DIFFRACTION8.369TORSIONAL
21B3596X-RAY DIFFRACTION8.369TORSIONAL
22D3596X-RAY DIFFRACTION8.369TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.23930.3809800.359440767
2.2393-2.2880.37431210.3544539984
2.288-2.34120.3338940.3003586189
2.3412-2.39970.27881090.2726601492
2.3997-2.46460.28681240.2676605893
2.4646-2.53710.34381140.2707615994
2.5371-2.6190.30011070.2656623995
2.619-2.71260.27391180.2664620895
2.7126-2.82120.33311250.27611393
2.8212-2.94960.34941150.2626636797
2.9496-3.10510.32241150.267642498
3.1051-3.29960.30591230.2454640498
3.2996-3.55420.29621140.2356636698
3.5542-3.91170.21821230.2073639597
3.9117-4.47740.22261240.182644899
4.4774-5.63940.20421210.1766639998
5.6394-46.3280.17531190.1828646399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.63 Å / Origin y: 16.866 Å / Origin z: 17.758 Å
111213212223313233
T0.3839 Å20.0301 Å2-0.0403 Å2-0.2943 Å2-0.0529 Å2--0.3534 Å2
L0.5999 °20.1592 °2-0.2436 °2-0.2984 °2-0.1779 °2--0.2966 °2
S-0.0416 Å °0.0415 Å °-0.0116 Å °0.0808 Å °0.0267 Å °-0.0407 Å °0.0322 Å °-0.0361 Å °0.0123 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )A4 - 694
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )A801 - 851
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )C6 - 700
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )C801 - 822
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )B2 - 416
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )B501 - 543
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )D501 - 510
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:851 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:822 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 2:416 OR RESID 501:543 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 501:510 OR RESID 3:415 ) )D3 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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