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- PDB-7esz: Crystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7esz
タイトルCrystal structure of the complex formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors CinA and CinB with Mn2+ from wPip
要素
  • BACTERIA FACTOR A
  • BACTERIA FACTOR B
キーワードPROTEIN BINDING / Wolbachia / Nuclease / Antitoxin / Toxin
機能・相同性: / Uncharacterized protein / ANK_REP_REGION domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.476 Å
データ登録者Xiao, Y.J. / Wang, W. / Chen, X. / Ji, X.Y. / Yang, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insights into the complexes formed by Wolbachia cytoplasmic incompatibility factors.
著者: Xiao, Y. / Chen, H. / Wang, H. / Zhang, M. / Chen, X. / Berk, J.M. / Zhang, L. / Wei, Y. / Li, W. / Cui, W. / Wang, F. / Wang, Q. / Cui, C. / Li, T. / Chen, C. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / ...著者: Xiao, Y. / Chen, H. / Wang, H. / Zhang, M. / Chen, X. / Berk, J.M. / Zhang, L. / Wei, Y. / Li, W. / Cui, W. / Wang, F. / Wang, Q. / Cui, C. / Li, T. / Chen, C. / Ye, S. / Zhang, L. / Ji, X. / Huang, J. / Wang, W. / Wang, Z. / Hochstrasser, M. / Yang, H.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BACTERIA FACTOR B
B: BACTERIA FACTOR A
C: BACTERIA FACTOR B
D: BACTERIA FACTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,9666
ポリマ－273,8564
非ポリマー1102
水1,69394
1
A: BACTERIA FACTOR B
B: BACTERIA FACTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9833
ポリマ－136,9282
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area43340 Å2
手法PISA
2
C: BACTERIA FACTOR B
D: BACTERIA FACTOR A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9833
ポリマ－136,9282
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area44150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.466, 86.380, 93.018
Angle α, β, γ (deg.)110.060, 91.860, 115.380
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...
21(chain C and (resid 6 through 125 or (resid 126...
12(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...
22(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...AA6 - 866 - 86
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...AA8787
131ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...AA4 - 6944 - 694
141ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...AA4 - 6944 - 694
151ASNASNASNASN(chain A and (resid 6 through 86 or (resid 87...AA4 - 6944 - 694
211LYSLYSTRPTRP(chain C and (resid 6 through 125 or (resid 126...CC6 - 1256 - 125
221LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 6 through 125 or (resid 126...CC126126
231LYSLYSASPASP(chain C and (resid 6 through 125 or (resid 126...CC6 - 7006 - 700
112SERSERGLYGLY(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB3 - 223 - 22
122ASPASPASPASP(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB2323
132SERSERILEILE(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB3 - 4163 - 416
142SERSERILEILE(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB3 - 4163 - 416
152SERSERILEILE(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB3 - 4163 - 416
162SERSERILEILE(chain B and (resid 3 through 22 or (resid 23...BB3 - 4163 - 416
212SERSERASNASN(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD3 - 863 - 86
222LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD8787
232SERSERLYSLYS(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD3 - 4133 - 413
242SERSERLYSLYS(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD3 - 4133 - 413
252SERSERLYSLYS(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD3 - 4133 - 413
262SERSERLYSLYS(chain D and (resid 3 through 86 or (resid 87...DD3 - 4133 - 413

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 BACTERIA FACTOR B


分子量: 84330.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens (strain wPip) (バクテリア)
株: wPip / 遺伝子: WP0295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CP74
#2: タンパク質 BACTERIA FACTOR A


分子量: 52597.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolbachia pipientis subsp. Culex pipiens (strain wPip) (バクテリア)
株: wPip / 遺伝子: WP0294 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3CP73
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: batch mode
詳細: buffer A (0.2M L-Proline, 0.1M Hepes pH 7.5, 24% w/v polyethylene glycol 1500): buffer B (0.1M citric acid pH 3.5, 34% v/v polyethylene glycol 200) = 4:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.476→50 Å / Num. obs: 73644 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 2.14 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Χ2% possible allRpim(I) allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.5-2.542.836980.1060.54196.6
2.54-2.592.937100.1060.54496.3
2.59-2.642.935790.1360.55196.4
2.64-2.692.837000.1680.61296.80.93
2.69-2.752.637070.1660.64597.20.958
2.75-2.822.736710.2310.67197.50.745
2.82-2.892.936750.3810.72897.60.5850.847
2.89-2.963.237320.5970.88597.80.4640.7180.857
2.96-3.053.237150.6510.94297.80.3690.5610.674
3.05-3.153.236860.8281.20497.80.2720.4170.5
3.15-3.263.237210.8421.41798.20.2190.3340.401
3.26-3.393.236860.8731.73998.10.1920.290.35
3.39-3.553.137370.92.32998.10.1660.2510.302
3.55-3.733.137630.9212.90897.80.1450.2150.26
3.73-3.972.836640.9053.48997.60.140.190.238
3.97-4.272.837150.9363.85697.60.120.1630.203
4.27-4.73.236350.9654.11996.30.0860.1290.156
4.7-5.383.236610.974.15496.30.0820.1240.149
5.38-6.783.236300.9674.55496.60.0830.1240.15
6.78-50335590.9836.24593.40.0550.0790.096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIXモデル構築
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.476→41.071 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 3672 5 %
Rwork0.198 69700 -
obs0.2006 73372 93.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.67 Å2 / Biso mean: 53.8624 Å2 / Biso min: 26.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.476→41.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17186 0 2 94 17282
Biso mean--51.02 40.29 -
残基数----2148
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6142X-RAY DIFFRACTION8.543TORSIONAL
12C6142X-RAY DIFFRACTION8.543TORSIONAL
21B3820X-RAY DIFFRACTION8.543TORSIONAL
22D3820X-RAY DIFFRACTION8.543TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4761-2.5380.36271250.2784259848
2.538-2.60660.29622650.2703504795
2.6066-2.68330.33942750.2605507795
2.6833-2.76990.31062520.2501520897
2.7699-2.86890.32422640.2449518397
2.8689-2.98370.32842860.2455516897
2.9837-3.11950.29832980.2317518798
3.1195-3.28390.27782950.2194523798
3.2839-3.48950.29542480.2235521798
3.4895-3.75880.24142740.2006526198
3.7588-4.13670.23843180.1818516498
4.1367-4.73450.19192650.1615515997
4.7345-5.96210.23162750.167511096
5.9621-41.0710.18042320.1583508495
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.888 Å / Origin y: 17.142 Å / Origin z: 17.411 Å
111213212223313233
T0.3549 Å2-0.0093 Å2-0.0887 Å2-0.2986 Å2-0.0674 Å2--0.326 Å2
L0.2617 °20.1472 °2-0.1997 °2-0.3311 °2-0.1769 °2--0.1885 °2
S-0.0053 Å °0.0273 Å °-0.037 Å °0.0672 Å °-0.0086 Å °-0.0437 Å °-0.0208 Å °-0.0367 Å °0.0111 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )A4 - 694
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )A801
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )A901 - 935
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )C6 - 700
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )C801
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )C901 - 917
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )B3 - 416
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )B501 - 531
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )D3 - 413
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:694 OR RESID 801:801 OR RESID 901:935 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 6:700 OR RESID 801:801 OR RESID 901:917 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 3:416 OR RESID 501:531 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 3:413 OR RESID 501:511 ) )D501 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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