ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0267精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | Coot | | モデル構築 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→46.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.01 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2417 | 1845 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2074 | - | - | - |
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obs | 0.209 | 35629 | 99.95 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 120.32 Å2 / Biso mean: 51.577 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.32 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.12 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0.2 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.42→46.3 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3471 | 0 | 50 | 144 | 3665 |
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Biso mean | - | - | 73.99 | 49.64 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 435 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.003 | 0.013 | 3613 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 3238 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.347 | 1.659 | 4915 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.132 | 1.598 | 7483 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg8.405 | 5 | 434 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg35.777 | 23.316 | 196 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg16.533 | 15 | 574 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg20.639 | 15 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.048 | 0.2 | 464 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 4115 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 845 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.42→2.483 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.395 | 133 | - |
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Rwork | 0.374 | 2585 | - |
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all | - | 2718 | - |
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obs | - | - | 99.89 % |
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