PDB-7esf: The Crystal Structure of human MTH1 from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7esf

タイトル

The Crystal Structure of human MTH1 from Biortus

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / catalytic activity / pyrophosphatase activity / hydrolase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Shang, H. / Wang, R. / Zhang, B. / Tian, F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of human MTH1 from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Shang, H. / Wang, R. / Zhang, B. / Tian, F.

履歴

登録	2021年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7esf.cif.gz	52.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7esf.ent.gz	32.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7esf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qvo-3 6ehh-1 5ghn-2 6jvf-1 5anu-d 5ngr-1 5ant-1 5mzf-3 5nhy-2 6jvq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.276, 60.533, 66.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-370- HOH
2	1	A-405- HOH

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 20071.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Citric Acid pH 4.0, 30% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.5212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.653 Å / Num. obs: 21691 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.427 / Num. unique obs: 1011

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q93

3q93

解像度: 1.55→44.653 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.188 / SU B: 1.305 / SU ML: 0.049 / Average fsc free: 0.9401 / Average fsc work: 0.952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	1045	4.826 %
R_work	0.1885	20610	-
all	0.19	-	-
obs	-	21655	99.267 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.594 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.516 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.078 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	20	113	1387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.644	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.507	1.579	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.937	5	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.526	22.703	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.171	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.806	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.603	1.384	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.601	1.383	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.299	2.078	773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.298	2.079	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.832	1.781	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.83	1.783	693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.232	2.507	993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.23	2.51	994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.313	16.73	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.259	16.383	1354

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.313	82	0.269	1441	0.271	1588	0.88	0.918	95.9068	0.269
1.59-1.634	0.213	75	0.208	1457	0.208	1534	0.939	0.948	99.8696	0.208
1.634-1.681	0.228	72	0.172	1429	0.175	1503	0.943	0.958	99.8669	0.172
1.681-1.733	0.203	62	0.167	1401	0.169	1466	0.956	0.96	99.7954	0.167
1.733-1.789	0.223	61	0.171	1353	0.173	1416	0.94	0.96	99.8588	0.171
1.789-1.852	0.259	68	0.192	1303	0.195	1373	0.916	0.942	99.8543	0.192
1.852-1.922	0.261	61	0.186	1266	0.189	1328	0.925	0.943	99.9247	0.186
1.922-2	0.225	58	0.181	1210	0.183	1271	0.949	0.953	99.764	0.181
2-2.089	0.217	49	0.19	1178	0.191	1237	0.943	0.954	99.1916	0.19
2.089-2.191	0.205	58	0.181	1094	0.183	1167	0.951	0.962	98.7147	0.181
2.191-2.309	0.148	54	0.186	1070	0.184	1134	0.967	0.965	99.1182	0.186
2.309-2.449	0.198	55	0.177	999	0.179	1071	0.95	0.962	98.4127	0.177
2.449-2.617	0.219	55	0.187	947	0.189	1016	0.944	0.954	98.622	0.187
2.617-2.826	0.216	45	0.197	871	0.198	922	0.95	0.948	99.3492	0.197
2.826-3.094	0.188	44	0.189	825	0.189	872	0.952	0.948	99.656	0.189
3.094-3.458	0.205	50	0.181	749	0.183	803	0.949	0.954	99.5019	0.181
3.458-3.989	0.181	36	0.164	674	0.165	710	0.963	0.966	100	0.164
3.989-4.875	0.191	25	0.166	578	0.167	604	0.973	0.968	99.8344	0.166
4.875-6.854	0.298	21	0.244	476	0.246	497	0.933	0.949	100	0.244
6.854-44.653	0.358	14	0.263	289	0.268	303	0.937	0.934	100	0.263

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