PDB-7esb: FmnB complexed with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7esb

タイトル

FmnB complexed with ATP

要素

FAD:protein FMN transferase

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / ATP / FMN transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD:protein FMN transferase / transferase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serotype 1/2a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zheng, Y.H. / Cheng, W.

引用

ジャーナル: MedComm (2020) / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the catalytic and inhibitory mechanisms of the flavin transferase FmnB in Listeria monocytogenes.
著者: Zheng, Y. / Yan, W. / Dou, C. / Zhou, D. / Chen, Y. / Jin, Y. / Yang, L. / Zeng, X. / Cheng, W.

履歴

登録	2021年5月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7esb.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7esb.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7esb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7esb_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7esb_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7esb_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	7esb_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7esaSC 7escC 7f2uC 7f39C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7f2u-2 7f2u-1 7esc-d 7esa-d 7f39-d 3mib-d 6g40-3 1vly-d 3pro-2 3m4z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.089, 67.294, 86.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase 分子量: 37713.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403S) (バクテリア) 株: 10403S / 遺伝子: LMRG_02181 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3GJF7, FAD:protein FMN transferase
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→31.37 Å / Num. obs: 42584 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 31.76
反射シェル	解像度: 1.703→1.764 Å / Num. unique obs: 3873 / CC_1/2: 0.943

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17.1	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ESA

7esa

解像度: 1.7→31.37 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	-	-
R_work	0.1708	-	-
obs	-	42584	98.83 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2493	0	3	269	2765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	2538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	3427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8058	953

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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