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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7esa | ||||||
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タイトル | the complex structure of flavin transferase FmnB complexed with FAD | ||||||
要素 | FAD:protein FMN transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / FMN transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FAD:protein FMN transferase / transferase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes serotype 1/2a | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y.H. / Cheng, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: MedComm (2020) / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the catalytic and inhibitory mechanisms of the flavin transferase FmnB in Listeria monocytogenes. 著者: Zheng, Y. / Yan, W. / Dou, C. / Zhou, D. / Chen, Y. / Jin, Y. / Yang, L. / Zeng, X. / Cheng, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7esa.cif.gz | 155.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7esa.ent.gz | 115 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7esa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7esa_validation.pdf.gz | 952.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7esa_full_validation.pdf.gz | 954.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7esa_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7esa_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37713.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403S) (バクテリア) 株: 10403S / 遺伝子: LMRG_02181 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3GJF7, FAD:protein FMN transferase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 % |
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結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→36.28 Å / Num. obs: 36579 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.1193 / Net I/σ(I): 48.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 3603 / CC1/2: 0.969 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→36.28 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.28 Å
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拘束条件 |
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