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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7erq | ||||||
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タイトル | The regulatory domain of YeiE, a sulfite sensing LysR-type transcriptional regulator from Cronobacter sakazakii (ligand-free form) | ||||||
![]() | LysR family transcriptional regulator | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / Cronobacter sakazakii / sulfite | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Ha, N.-C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of YeiE from Cronobacter sakazakii and the role of sulfite tolerance in gram-negative bacteria. 著者: Hong, S. / Kim, J. / Cho, E. / Na, S. / Yoo, Y.J. / Cho, Y.H. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7erpSC ![]() 7fdfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23279.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: YeiE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Hydroxyethyl piperazineetahnesulfonic acid (HEPES) pH 7.5, 11% (v/v) PEG 10000, 6% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 50microM sodium selenite |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97957 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 35724 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 15.58 Å2 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 28.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique obs: 1625 / CC star: 0.845 / Rpim(I) all: 0.161 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ERP 解像度: 1.95→49.28 Å / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 22.3939 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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