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- PDB-7fdf: The E145S mutant of the regulatory domain of YeiE, a sulfite sens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdf
タイトルThe E145S mutant of the regulatory domain of YeiE, a sulfite sensing LysR-type transcriptional regulator from Cronobacter sakazakii (sulfate-bound form)
要素LysR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / Cronobacter sakazakii / sulfite
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LysR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter sakazakii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hong, S. / Ha, N.-C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of YeiE from Cronobacter sakazakii and the role of sulfite tolerance in gram-negative bacteria.
著者: Hong, S. / Kim, J. / Cho, E. / Na, S. / Yoo, Y.J. / Cho, Y.H. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3182
ポリマ－23,2221
非ポリマー961
水1,36976
1
A: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6364
ポリマ－46,4442
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area2880 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.146, 60.146, 213.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 LysR family transcriptional regulator / Putative transcriptional regulator


分子量: 23221.934 Da / 分子数: 1 / 変異: E145S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter sakazakii (バクテリア)
遺伝子: FZH93_18715, FZI36_01190, FZI41_05255, HZZ03_13430
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9BVC9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M MgCl2, 19% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 14880 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 36.43
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.625 / Num. unique obs: 685 / CC1/2: 0.955 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.429 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ERP

7erp


解像度: 2.05→35.59 Å / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 19.6095
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2323 10.06 %
Rwork0.1928 20757 -
obs0.1956 14648 85.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 5 76 1628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00181582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43072147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0408248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.807218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.090.2485820.2397709X-RAY DIFFRACTION49.13
2.09-2.140.2487950.2382804X-RAY DIFFRACTION56.4
2.14-2.190.22541000.2261875X-RAY DIFFRACTION61.63
2.19-2.240.2621070.2068967X-RAY DIFFRACTION66.96
2.24-2.30.25091270.20131045X-RAY DIFFRACTION73.34
2.3-2.370.19821190.18911149X-RAY DIFFRACTION80.82
2.37-2.450.26021380.19271242X-RAY DIFFRACTION86.25
2.45-2.540.25141440.20551274X-RAY DIFFRACTION89.01
2.54-2.640.24511440.20961359X-RAY DIFFRACTION94.29
2.64-2.760.2391490.20731368X-RAY DIFFRACTION95.77
2.76-2.90.2731580.19961402X-RAY DIFFRACTION97.44
2.9-3.080.25631550.21341388X-RAY DIFFRACTION98.41
3.08-3.320.22831660.19981450X-RAY DIFFRACTION99.75
3.32-3.660.1911630.19741414X-RAY DIFFRACTION99.87
3.66-4.180.19481600.17041438X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.270.18031600.15731432X-RAY DIFFRACTION100
5.27-35.590.20281560.18631441X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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