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万見
- PDB-7eqz: Crystal structure of Carboxypeptidase B complexed with Potato Car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqz
タイトルCrystal structure of Carboxypeptidase B complexed with Potato Carboxypeptidase Inhibitor
要素
  • Carboxypeptidase B
  • Metallocarboxypeptidase inhibitor
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / ANTIVIRAL PROTEIN / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / endopeptidase inhibitor activity / metallocarboxypeptidase activity / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase A inhibitor-like / Carboxypeptidase A inhibitor / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase B1
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Choong, Y.K. / Gavor, E. / Jobichen, C. / Sivaraman, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structure of Aedes aegypti carboxypeptidase B1-inhibitor complex uncover the disparity between mosquito and non-mosquito insect carboxypeptidase inhibition mechanism.
著者: Gavor, E. / Choong, Y.K. / Jobichen, C. / Mok, Y.K. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B
I: Metallocarboxypeptidase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0634
ポリマ－36,9222
非ポリマー1402
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.451, 87.208, 49.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.698, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 32930.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Mature region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: CPB-I / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J661, carboxypeptidase B
#2: タンパク質・ペプチド Metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase inhibitor / MCPI


分子量: 3991.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: P01075
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細In chain I, the peptide bond between VAL I 38 and GLY I 39 was cleaved, and the free glycine was captured.
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 0.1M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.89 Å / Num. obs: 15975 / % possible obs: 96.61 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.55 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 48.29
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 1009 / Rsym value: 0.118

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4cpa

4cpa


解像度: 2.2→31.89 Å / SU ML: 0.1799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 1598 10 %
Rwork0.1545 14377 -
obs0.1586 15975 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 1 200 2780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50173604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.369361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.270.25541120.16461009X-RAY DIFFRACTION74.63
2.27-2.350.1931340.1621199X-RAY DIFFRACTION88.93
2.35-2.450.22731480.15541341X-RAY DIFFRACTION99.67
2.45-2.560.22891510.16371351X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.690.21171500.1591355X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.22151490.16341335X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.1971490.15521343X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.17561500.14911353X-RAY DIFFRACTION99.87
3.39-3.880.16191500.1411343X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.880.16951520.13391367X-RAY DIFFRACTION99.93
4.89-31.890.20971530.17971381X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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