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- PDB-7equ: Crystal structure of the C-lobe of lactoferrin produced by limite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7equ
タイトルCrystal structure of the C-lobe of lactoferrin produced by limited proteolysis using pepsin at 2.74A resolution
要素Lactotransferrin
キーワードISOMERASE / C-lobe
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / Antimicrobial peptides / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / Neutrophil degranulation / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / ossification / innate immune response in mucosa / iron ion transport / recycling endosome / antibacterial humoral response / early endosome / iron ion binding / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lactotransferrin / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / : / Lactotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.743 Å
データ登録者Maurya, A. / Singh, J. / Sharma, A. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the C-lobe of lactoferrin produced by limited proteolysis using pepsin at 2.74A resolution
著者: Maurya, A. / Singh, J. / Sharma, A. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactotransferrin
B: Lactotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,48312
ポリマ－76,0542
非ポリマー3,42910
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area30060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.759, 81.554, 111.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.949, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lactotransferrin / Lactoferrin


分子量: 38026.961 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 361-708 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P24627, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{[(2+1)][ethyl]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 16分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細NATURAL MUTATIONS HAVE OCCURRED AT 565 ASN AND 608 LYS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Magnesium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→76.85 Å / Num. obs: 27187 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.74→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.03 / Num. unique obs: 1391 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HBC

5hbc


解像度: 2.743→76.846 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 21.977 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.848 / ESU R Free: 0.391 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 1361 5.031 %
Rwork0.2388 25689 -
all0.242 --
obs-27050 96.995 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.535 Å20 Å22.636 Å2
2---13.1 Å20 Å2
3---2.559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.743→76.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5316 0 221 12 5549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0175210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.7017724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1991.63412076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8435694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.20723.561264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.62815916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6181526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.210.24927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.22661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0620.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2990.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.7510.2232782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.74910.2212781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.54715.3363474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.54515.3373475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.21811.042899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.21811.042899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.02716.3494250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.02616.3514251
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.116120.9826031
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other15.114120.9866031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.743-2.8140.4231110.3731941X-RAY DIFFRACTION98.9392
2.814-2.8910.3371020.3351859X-RAY DIFFRACTION98.05
2.891-2.9740.316960.3011775X-RAY DIFFRACTION98.0094
2.974-3.0660.343870.2871782X-RAY DIFFRACTION98.4721
3.066-3.1660.354990.31707X-RAY DIFFRACTION99.1218
3.166-3.2770.381940.3191669X-RAY DIFFRACTION98.9893
3.277-3.4010.377790.2871609X-RAY DIFFRACTION98.829
3.401-3.5390.357740.2761537X-RAY DIFFRACTION98.7738
3.539-3.6960.371830.2671435X-RAY DIFFRACTION95.8333
3.696-3.8770.34740.2341360X-RAY DIFFRACTION95.0928
3.877-4.0860.3660.2271304X-RAY DIFFRACTION94.6133
4.086-4.3330.317650.2221208X-RAY DIFFRACTION93.6718
4.333-4.6310.308470.1921147X-RAY DIFFRACTION93.4272
4.631-5.0010.192590.1771088X-RAY DIFFRACTION95.8229
5.001-5.4770.219610.192981X-RAY DIFFRACTION94.5554
5.477-6.120.347410.216933X-RAY DIFFRACTION97.6931
6.12-7.0610.295430.207809X-RAY DIFFRACTION95.9459
7-100.332200.3300X-RAY DIFFRACTION90.9091
7.061-8.6330.224400.189697X-RAY DIFFRACTION96.0887
8-100.223200.204548X-RAY DIFFRACTION97.094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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