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- PDB-7eqk: Structural and mechanistic studies of a novel non-heme iron epime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqk
タイトルStructural and mechanistic studies of a novel non-heme iron epimerase/lyase and its utilization in chemoselective synthesis.
要素Cupin domain-containing protein
キーワードISOMERASE / non-heme iron epimerase/lyase
機能・相同性RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / 1-(1~{H}-indol-3-yl)ethanone / : / GLYCOLIC ACID / (E)-3-(1H-indol-3-yl)-2-oxidanyl-but-2-enoic acid / Cupin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces albus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04001020299 Å
データ登録者Li, T.L. / Li, Y.S. / Chen, M.H.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structural and Mechanistic Bases for StnK3 and Its Mutant-Mediated Lewis-Acid-Dependent Epimerization and Retro-Aldol Reactions.
著者: Chen, M.H. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Wang, Y.L. / Wang, Z.C. / Chang, C.F. / Lin, J.P. / Chang, C.Y. / Li, T.L.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin domain-containing protein
B: Cupin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2287
ポリマ－27,6642
非ポリマー5645
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.782, 66.782, 116.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU(chain 'A' and (resid 11 through 114 or resid 116 through 128))AA11 - 11411 - 114
12ALAALAVALVAL(chain 'A' and (resid 11 through 114 or resid 116 through 128))AA116 - 127116 - 127
23ASPASPLEULEU(chain 'B' and (resid 11 through 114 or resid 116 through 128))BB11 - 11411 - 114
24ALAALAVALVAL(chain 'B' and (resid 11 through 114 or resid 116 through 128))BB116 - 127116 - 127

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cupin domain-containing protein


分子量: 13831.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: stnK3, G3260_000576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7PIL3

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非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-5RN / 1-(1~{H}-indol-3-yl)ethanone / 3-アセチル-1H-インド-ル


分子量: 159.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-JAX / (E)-3-(1H-indol-3-yl)-2-oxidanyl-but-2-enoic acid


分子量: 217.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 19749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 33.5243086976 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 32.84
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Num. unique obs: 1912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.11.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.11.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J4C

6j4c


解像度: 2.04001020299→28.9588223376 Å / SU ML: 0.25789248673 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36651513816 / 位相誤差: 24.8507519835
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244796606859 973 4.93632996804 %
Rwork0.199336969955 18738 -
obs0.201582819044 19711 99.9442247237 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.6291999048 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04001020299→28.9588223376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 35 103 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007498776697571847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9680562820152530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061482104077288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651007393658332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.13898982111262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0401-2.14750.3113754369961420.256775113032610X-RAY DIFFRACTION99.7101449275
2.1475-2.2820.2676155299151360.2307362627592633X-RAY DIFFRACTION99.963898917
2.282-2.45810.2977256767721360.2329654718432639X-RAY DIFFRACTION100
2.4581-2.70540.3116598588141360.2303597554942642X-RAY DIFFRACTION100
2.7054-3.09640.2517267127211390.2322658779792680X-RAY DIFFRACTION100
3.0964-3.89970.2437355388111410.1823677648042700X-RAY DIFFRACTION100
3.8997-28.95880.1943383211991430.1686979296172834X-RAY DIFFRACTION99.9664204164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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