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- PDB-7eqj: crystal structure of E. coli Valine tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqj
タイトルcrystal structure of E. coli Valine tRNA
要素RNA (76-MER)
キーワードRNA / tRNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.043 Å
データ登録者Kim, J. / Jeong, H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: Unique anticodon loop conformation with the flipped-out wobble nucleotide in the crystal structure of unbound tRNA Val .
著者: Jeong, H. / Kim, J.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (76-MER)
B: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,20512
ポリマ－48,9672
非ポリマー23810
水2,774154
1
A: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6016
ポリマ－24,4841
非ポリマー1185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
2
B: RNA (76-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6046
ポリマ－24,4841
非ポリマー1205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.541, 33.059, 131.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (76-MER)


分子量: 24483.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The sequence of tRNA is originiated from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (GenBank: U00096.3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M Magnesium chloride hexahydrate 0.1M HEPES pH 7.5 30%(v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550 30%(v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.043→30 Å / Num. obs: 28804 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.679 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.095.10.82713090.7750.3660.9080.38788.9
2.09-2.125.40.77113450.7830.3360.8440.38893.7
2.12-2.165.90.67713790.8510.2860.7370.39595.5
2.16-2.216.40.59414550.8910.2450.6440.39697.4
2.21-2.266.60.52814120.9160.2170.5710.40197.6
2.26-2.316.80.45214080.9170.1840.4890.40297.4
2.31-2.376.80.39914670.9430.1620.4320.40498.1
2.37-2.436.90.33214370.960.1350.3590.41898.3
2.43-2.56.70.28514160.9660.1180.3090.4198.3
2.5-2.586.50.25614490.9710.1090.2780.42898.4
2.58-2.676.20.20514550.9770.090.2250.46398.3
2.67-2.786.40.17714470.9810.0760.1930.48998.5
2.78-2.917.10.13714240.9930.0550.1470.55898.5
2.91-3.067.10.10214860.9950.040.110.71598.8
3.06-3.256.90.08214530.9960.0330.0881.00898.8
3.25-3.56.70.07514840.9960.0310.0811.15398.9
3.5-3.866.70.0714670.9960.0290.0761.14399
3.86-4.416.30.06414510.9970.0270.071.17897.4
4.41-5.555.50.05914890.9960.0280.0651.33796.9
5.55-306.70.05215710.9980.0210.0571.28299.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZW4

5zw4


解像度: 2.043→29.488 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1494 5.19 %
Rwork0.2044 27277 -
obs0.2061 28771 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.67 Å2 / Biso mean: 41.6289 Å2 / Biso min: 21.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.043→29.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3221 10 154 3385
Biso mean--41.07 34.06 -
残基数----151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9785603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2471806
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0433-2.10920.2981040.2705219787
2.1092-2.18450.32971450.2616243096
2.1845-2.2720.26151270.2537244197
2.272-2.37530.31241500.2395248298
2.3753-2.50050.31571220.2431250898
2.5005-2.65710.27281500.2631247698
2.6571-2.86210.32111240.2853250698
2.8621-3.14980.25331250.2276255799
3.1498-3.60490.19931610.1759249399
3.6049-4.53910.20121610.1646252698
4.5391-29.4880.19781250.1651266198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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