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- PDB-7eqi: ChlB3 [Aceyltransferase] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqi
タイトルChlB3 [Aceyltransferase]
要素ChlB3
キーワードTRANSFERASE / Acyltransferase / ChlB3
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Saeed, A.U. / Zheng, J.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Structural Insight of KSIII ( beta-Ketoacyl-ACP Synthase)-like Acyltransferase ChlB3 in the Biosynthesis of Chlorothricin.
著者: Saeed, A.U. / Rahman, M.U. / Chen, H.F. / Zheng, J.
履歴
登録2021年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / exptl_crystal_grow
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ChlB3
B: ChlB3
C: ChlB3
D: ChlB3
E: ChlB3
F: ChlB3
G: ChlB3
H: ChlB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,1448
ポリマ－296,1448
非ポリマー00
水1,53185
1
A: ChlB3
B: ChlB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0362
ポリマ－74,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
2
C: ChlB3
D: ChlB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0362
ポリマ－74,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
3
E: ChlB3
F: ChlB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0362
ポリマ－74,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
4
G: ChlB3
H: ChlB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0362
ポリマ－74,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.473, 186.583, 189.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ChlB3


分子量: 37017.992 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
発現宿主: Streptomyces antibioticus JCM 4620 (バクテリア)
参照: UniProt: Q0R4P5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPS pH 7.0, 1.4 M sodium acetate-trihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: DECTRIS MYTHEN2 R 1K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 74294 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 442810
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.155.90.58936450.8840.2610.6450.96799.9
3.15-3.215.90.56435890.8930.2490.6180.959100
3.21-3.276.30.45936470.9340.1940.4990.97100
3.27-3.346.30.34836490.9560.1470.3790.987100
3.34-3.416.30.30236200.960.1280.3290.98899.8
3.41-3.496.20.25336130.9680.1080.2761.03799.8
3.49-3.586.20.22536850.9750.0960.2450.99999.7
3.58-3.686.20.18736250.9780.080.2030.99499.9
3.68-3.786.10.15836320.9810.0690.1730.9999.9
3.78-3.9160.14236500.9830.0630.1550.98299.9
3.91-4.045.60.12136510.9840.0560.1340.95999.7
4.04-4.215.80.11136530.9880.050.1220.97399.8
4.21-4.46.20.10436710.9880.0450.1130.95999.7
4.4-4.636.30.09536570.9910.040.1030.91399.6
4.63-4.926.20.09136580.9890.0390.0990.88699.5
4.92-5.36.10.08936870.9910.0390.0980.8599.4
5.3-5.835.80.0936910.9880.040.0980.81699.4
5.83-6.675.80.08637340.990.0380.0940.8299.4
6.67-8.46.20.07937070.9910.0340.0870.77898.5
8.4-505.50.08238370.990.0370.090.88796.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xsa

4xsa


解像度: 3.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25604 3931 5 %RANDOM
Rwork0.2262 ---
obs0.22773 74294 99.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.21 Å2 / Biso mean: 66.5365 Å2 / Biso min: 33.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19057 0 0 85 19142
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 247 -
Rwork0.296 --
obs-5107 93.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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