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万見
- PDB-7eq2: Crystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eq2
タイトルCrystal structure of GDP-bound Rab1a-T75D
要素Ras-related protein Rab-1A
キーワードCELL CYCLE / Ras-related protein Rab-1A / small GTPase / protein trafficking / signal transduction / Membrane remolding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / COPII-coated vesicle cargo loading / melanosome transport / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / transport vesicle membrane / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / endomembrane system / substrate adhesion-dependent cell spreading / small monomeric GTPase / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / autophagy / endocytosis / melanosome / cell migration / G protein activity / early endosome / defense response to bacterium / cadherin binding / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...: / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / COBALT HEXAMMINE(III) / Ras-related protein Rab-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55090284637 Å
データ登録者Cao, Y.L. / Gu, D.D. / Gao, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Aurora kinase A-mediated phosphorylation triggers structural alteration of Rab1A to enhance ER complexity during mitosis
著者: Zhang, W. / Zhang, Z. / Xiang, Y. / Gu, D.D. / Chen, J. / Chen, Y. / Zhai, S. / Liu, Y. / Jiang, T. / Liu, C. / He, B. / Yan, M. / Wang, Z. / Xu, J. / Cao, Y.L. / Deng, B. / Zeng, D. / Lei, J. ...著者: Zhang, W. / Zhang, Z. / Xiang, Y. / Gu, D.D. / Chen, J. / Chen, Y. / Zhai, S. / Liu, Y. / Jiang, T. / Liu, C. / He, B. / Yan, M. / Wang, Z. / Xu, J. / Cao, Y.L. / Deng, B. / Zeng, D. / Lei, J. / Zhuo, J. / Lei, X. / Long, Z. / Jin, B. / Chen, T. / Li, D. / Shen, Y. / Hu, J. / Gao, S. / Liu, Q.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-1A
B: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,31614
ポリマ－42,2262
非ポリマー2,09012
水6,702372
1
A: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0216
ポリマ－21,1131
非ポリマー9085
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2958
ポリマ－21,1131
非ポリマー1,1827
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.489, 50.598, 52.626
Angle α, β, γ (deg.)76.945, 84.616, 86.271
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / YPT1-related protein


分子量: 21112.873 Da / 分子数: 2 / 変異: T75D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1A, RAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62820, small monomeric GTPase

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非ポリマー , 6種, 384分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 40mM Lithium chloride, 20mM Magnesium chloride hexahydrate, 80mM NaCl, 2mM Hexammine cobalt(III) chloride, 40mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5509→25.12 Å / Num. obs: 54416 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.5307915404 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 42.71
反射 シェル解像度: 1.5509→1.61 Å / Num. unique obs: 5434 / Rsym value: 0.539

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FOL

2fol


解像度: 1.55090284637→25.1160419845 Å / SU ML: 0.126552402739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9676416371 / 位相誤差: 17.8460324132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185187062179 2740 5.06338470636 %
Rwork0.160166333291 51374 -
obs0.161457428126 54114 94.5883586786 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.7969176503 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55090284637→25.1160419845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 112 372 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005576968119163054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9023730572244196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557843004204475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004119644021507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.15161282692456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.550903-1.57760.2172509003531310.1912656660562330X-RAY DIFFRACTION85.4513888889
1.5776-1.60630.2341856378831250.1857783796852504X-RAY DIFFRACTION91.7626527051
1.6063-1.63720.2102711115711250.1844393508482568X-RAY DIFFRACTION94.0621725463
1.6372-1.67060.2072388153971300.171266016552538X-RAY DIFFRACTION94.6434905995
1.6706-1.70690.1758940230111380.1684879646942603X-RAY DIFFRACTION95.2066689823
1.7069-1.74660.189674149711360.1632014135162599X-RAY DIFFRACTION95.3293830603
1.7466-1.79030.2290289304441080.1658384498842618X-RAY DIFFRACTION95.2480782669
1.7903-1.83870.2064817455371480.166755779592585X-RAY DIFFRACTION95.8611013679
1.8387-1.89280.188650977851290.1648043982212624X-RAY DIFFRACTION95.689954814
1.8928-1.95390.177093317321610.1698555384062576X-RAY DIFFRACTION95.665851101
1.9539-2.02370.1881939587441530.161549200392589X-RAY DIFFRACTION96.1430575035
2.0237-2.10470.2000849602431520.164064077052614X-RAY DIFFRACTION96.3091922006
2.1047-2.20040.1878556966311170.1593800675212640X-RAY DIFFRACTION96.1967899512
2.2004-2.31630.1862436635161460.1597890319922583X-RAY DIFFRACTION95.8216292135
2.3163-2.46130.1773429653161300.1617699054092619X-RAY DIFFRACTION95.9176552687
2.4613-2.65120.1991170340831420.1636795812612571X-RAY DIFFRACTION95.1595931252
2.6512-2.91760.1915196345921400.1674468298322463X-RAY DIFFRACTION91.6549295775
2.9176-3.3390.1878877692781360.1489505787872659X-RAY DIFFRACTION97.5907821229
3.339-4.20350.1461624460011570.1342715331622639X-RAY DIFFRACTION97.7622377622
4.2035-25.1160.1871784371971360.1653828411162452X-RAY DIFFRACTION90.4578818595
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.43791920413 Å / Origin y: -10.1777947814 Å / Origin z: 10.4371475876 Å
111213212223313233
T0.072914608776 Å20.00323774110611 Å2-0.00735069896999 Å2-0.11216246854 Å2-0.0307537536667 Å2--0.0915398455756 Å2
L0.136846283309 °2-0.0237670357917 °2-0.0282514827305 °2-0.906674320842 °2-0.524125772921 °2--0.48620614111 °2
S0.00246784433322 Å °0.00296632527745 Å °-0.00552226989832 Å °-0.0224915963937 Å °0.0108228642606 Å °0.00630176532496 Å °0.00213701762767 Å °0.00222659492369 Å °-0.0100759292534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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