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万見
- PDB-7eob: Crystal structure of KIF1A Motor-Neck domain E239K mutant with AD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eob
タイトルCrystal structure of KIF1A Motor-Neck domain E239K mutant with ADP-Mg-AlFx
要素Kinesin-like protein KIF1A
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde synaptic vesicle transport / neuronal dense core vesicle membrane / plus-end-directed kinesin ATPase / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / regulation of dendritic spine development / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine morphogenesis / MHC class II antigen presentation / plus-end-directed microtubule motor activity ...anterograde synaptic vesicle transport / neuronal dense core vesicle membrane / plus-end-directed kinesin ATPase / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / regulation of dendritic spine development / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine morphogenesis / MHC class II antigen presentation / plus-end-directed microtubule motor activity / neuronal dense core vesicle / axon cytoplasm / microtubule binding / microtubule / neuron projection / neuronal cell body / synapse / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / Kinesin ...: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Kinesin motor domain / Kinesin / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / PH domain / Kinesin motor domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Kinesin-like protein KIF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Ogawa, T. / Jiang, X. / Hirokawa, N.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06372 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K07222 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K16483 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: A neuropathy-associated kinesin KIF1A mutation hyper-stabilizes the motor-neck interaction during the ATPase cycle.
著者: Morikawa, M. / Jerath, N.U. / Ogawa, T. / Morikawa, M. / Tanaka, Y. / Shy, M.E. / Zuchner, S. / Hirokawa, N.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5084
ポリマ－43,9731
非ポリマー5353
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.655, 57.249, 155.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF1A / Axonal transporter of synaptic vesicles


分子量: 43972.543 Da / 分子数: 1 / 変異: E239K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif1a, Atsv, Kif1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33173
#2: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium acetate, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 36686 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3095 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.376 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EO9

7eo9


解像度: 1.76→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1829 -RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-36686 97.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.82 Å2 / Biso mean: 40.2319 Å2 / Biso min: 20.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 32 107 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.6533826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3171.5886134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6375345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99122.338154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50815506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9661522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.57832830
LS精密化 シェル解像度: 1.763→1.808 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 108 -
Rwork0.338 2126 -
all-2234 -
obs--81.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.8417 Å / Origin y: 3.311 Å / Origin z: 19.3472 Å
111213212223313233
T0.0061 Å2-0.0002 Å20.0003 Å2-0.0098 Å20.0001 Å2--0.0004 Å2
L0.0025 °2-0.0011 °2-0.0008 °2-0.0012 °20.0001 °2--0.0071 °2
S-0.0001 Å °-0.0003 Å °-0.0003 Å °0 Å °-0.0004 Å °0.0006 Å °0.0004 Å °0.0002 Å °0.0004 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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