PDB-7eo3: X-ray structure analysis of beita-1,3-glucanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eo3

タイトル

X-ray structure analysis of beita-1,3-glucanase

要素

1,3-beta-glucanase

キーワード

HYDROLASE / Beita-1 / 3-glucanase / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinobacteria bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.141 Å

データ登録者

Wan, Q. / Feng, J. / Xu, S.

引用

ジャーナル: Bioresour Bioprocess / 年: 2021
タイトル: Identification and structural analysis of a thermophilic beta-1,3-glucanase from compost
著者: Feng, J. / Xu, S. / Feng, R. / Kovalevsky, A. / Zhang, X. / Liu, D. / Wan, Q.

履歴

登録	2021年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eo3.cif.gz	137.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eo3.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eo3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eo3_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eo3_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	7eo3_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7eo3_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/7eo3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dgtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dgt-d 4l2g-2 4l34-2 4uvo-1 6bxs-1 3azy-1 6t2q-1 4dfs-2 3u9h-2 3b01-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 1,3-beta-glucanase

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.397, 61.010, 70.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	1,3-beta-glucanase 分子量: 30861.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: DIU60_04100 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2W4NIL6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Magnesium chloride, Bis-tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.14→50 Å / Num. obs: 95197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 1099159

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.14-1.16	8.3	0.865	4703	0.756	0.32	0.924	1.069	100
1.16-1.18	9	0.819	4710	0.806	0.289	0.87	1.065	100
1.18-1.2	10.1	0.816	4694	0.828	0.266	0.859	1.045	100
1.2-1.23	10.6	0.804	4712	0.883	0.254	0.844	1.056	100
1.23-1.25	10.9	0.79	4702	0.883	0.246	0.828	1.063	100
1.25-1.28	11	0.746	4711	0.899	0.23	0.782	1.061	100
1.28-1.32	10.7	0.677	4721	0.915	0.213	0.71	1.04	100
1.32-1.35	11.1	0.642	4734	0.918	0.198	0.672	1.045	100
1.35-1.39	12.2	0.586	4703	0.947	0.17	0.61	1.025	100
1.39-1.44	12.2	0.507	4749	0.957	0.146	0.528	1.051	100
1.44-1.49	12.4	0.443	4707	0.965	0.128	0.461	1.046	100
1.49-1.55	12.2	0.363	4748	0.973	0.106	0.378	1.032	100
1.55-1.62	11.6	0.291	4749	0.977	0.088	0.305	1.024	100
1.62-1.7	12.5	0.255	4756	0.985	0.074	0.266	1.029	100
1.7-1.81	13.2	0.215	4771	0.986	0.061	0.224	1.017	100
1.81-1.95	13	0.178	4788	0.989	0.05	0.185	1.005	100
1.95-2.15	12.4	0.15	4804	0.991	0.044	0.157	1.043	100
2.15-2.46	12.2	0.133	4820	0.988	0.04	0.138	1.028	100
2.46-3.09	13.3	0.115	4873	0.994	0.033	0.119	0.98	100
3.09-50	11.9	0.106	5042	0.991	0.032	0.111	1.01	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DGT

3dgt

解像度: 1.141→16.92 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1618	4741	5 %	RANDOM
R_work	0.1434	90117	-	-
obs	0.1443	94858	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.06 Å² / B_iso mean: 16.5594 Å² / B_iso min: 10.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.141→16.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2172	0	9	297	2478
B_iso mean	-	-	19.87	28.73	-
残基数	-	-	-	-	282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	3183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.316	1706

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.141-1.1538	0.2718	149	0.2254	2604	88
1.1538-1.1674	0.2224	155	0.2085	2915	98
1.1674-1.1816	0.2156	174	0.1934	2955	99
1.1816-1.1966	0.2171	161	0.1842	2952	99
1.1966-1.2123	0.1793	170	0.1793	2935	99
1.2123-1.2289	0.2328	146	0.1773	3003	100
1.2289-1.2465	0.2255	128	0.1755	3000	100
1.2465-1.2651	0.1903	145	0.169	3000	100
1.2651-1.2848	0.1912	162	0.1567	2998	100
1.2848-1.3059	0.2062	139	0.1538	2998	100
1.3059-1.3284	0.1598	144	0.1473	3021	100
1.3284-1.3525	0.1712	174	0.1447	2962	100
1.3525-1.3785	0.1755	170	0.1412	2987	100
1.3785-1.4067	0.1666	157	0.1364	3027	100
1.4067-1.4372	0.1459	142	0.1246	3008	100
1.4372-1.4707	0.1489	165	0.1178	2983	100
1.4707-1.5074	0.1327	172	0.119	3023	100
1.5074-1.5481	0.1398	141	0.1208	3005	100
1.5481-1.5937	0.1589	151	0.1202	3015	100
1.5937-1.6451	0.151	159	0.1233	3028	100
1.6451-1.7038	0.1532	175	0.1194	2992	100
1.7038-1.772	0.1514	148	0.1276	3046	100
1.772-1.8525	0.1882	140	0.1301	3058	100
1.8525-1.95	0.1416	167	0.1379	3039	100
1.95-2.072	0.1512	164	0.134	3018	100
2.072-2.2317	0.1503	153	0.1388	3069	100
2.2317-2.4556	0.164	148	0.1489	3077	100
2.4556-2.8096	0.1703	162	0.1528	3075	100
2.8096-3.5345	0.1726	197	0.1551	3088	100
3.5345-16.92	0.1459	183	0.1428	3236	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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