PDB-7eny: Crystal structure of hydroxysteroid dehydrogenase from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eny

タイトル

Crystal structure of hydroxysteroid dehydrogenase from Escherichia coli

要素

7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

HYDROLASE / ketolithocholic acid / alcohol dehydrogenase / hydroxysteroid dehydrogenase / ursodeoxycholic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase activity / bile acid catabolic process / lipid catabolic process / NAD binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Kim, K.-H. / Lee, C.W. / Pardhe, D.P. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, Y.M. / Lee, J.H. / Oh, T.-J.

引用

ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an apo 7 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase reveals key structural changes induced by substrate and co-factor binding.
著者: Kim, K.H. / Lee, C.W. / Pardhe, B.D. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, Y.M. / Lee, J.H. / Oh, T.J.

履歴

登録	2021年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eny.cif.gz	377.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eny.ent.gz	297.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eny_validation.pdf.gz	524 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eny_full_validation.pdf.gz	557.3 KB	表示
XML形式データ	7eny_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	7eny_validation.cif.gz	93.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7eny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7eny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fmcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ahh-1 1kp5-3 7eny-2 6ow4-2 6iwl-d 6ow4-1 3o78-d 5end-1 4bnw-d 3aut-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (3)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)

登録構造単位

A: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

E: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

F: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

G: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

H: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

243 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

F: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

G: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

H: 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.829, 100.188, 160.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.571, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 7alpha-HSDH / NAD-dependent 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase 分子量: 30320.455 Da / 分子数: 8 / 変異: F2L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: hdhA, hsdH, b1619, JW1611 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0AET8, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 7alpha-HSDH / NAD-dependent 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

分子量: 30320.455 Da / 分子数: 8 / 変異: F2L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: hdhA, hsdH, b1619, JW1611 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AET8, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.62 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 20% (w/v) PEG 4000, and 10% (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 50045 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 2487 / CC_1/2: 0.776

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FMC

1fmc

解像度: 2.703→38.093 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 17.603 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.448 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	2490	4.982 %
R_work	0.198	47490	-
all	0.203	-	-
obs	-	49980	98.306 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.028 Å²	0 Å²	-0.014 Å²
2-	-	0.019 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.703→38.093 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14381	0	0	147	14528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	14594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.621	19747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	1.577	32638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.269	5	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.914	23.948	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.059	15	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.272	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	14143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	7466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.999	6.105	7847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.99	6.105	7846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.563	9.136	9783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.562	9.136	9784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.928	6.565	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.928	6.566	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.589	9.658	9963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.588	9.659	9964
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.916	73.257	15565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.915	73.263	15566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.703-2.773	0.355	168	0.249	3402	X-RAY DIFFRACTION	96.1487
2.773-2.849	0.336	166	0.235	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.849-2.932	0.324	177	0.227	3380	X-RAY DIFFRACTION	99.9719
2.932-3.022	0.344	163	0.214	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.8832
3.022-3.121	0.314	162	0.223	3182	X-RAY DIFFRACTION	99.9402
3.121-3.23	0.341	161	0.214	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.352	0.351	149	0.22	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.8704
3.352-3.489	0.316	136	0.201	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.7037
3.489-3.644	0.284	134	0.173	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.6531
3.644-3.822	0.273	132	0.179	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.5276
3.822-4.029	0.262	145	0.184	2469	X-RAY DIFFRACTION	99.3539
4.029-4.273	0.258	130	0.161	2321	X-RAY DIFFRACTION	98.7908
4.273-4.568	0.266	109	0.154	2170	X-RAY DIFFRACTION	97.1027
4.568-4.933	0.279	129	0.172	1987	X-RAY DIFFRACTION	96.8421
4.933-5.404	0.273	103	0.2	1841	X-RAY DIFFRACTION	97.4925
5.404-6.041	0.28	105	0.191	1688	X-RAY DIFFRACTION	98.5165
6.041-6.973	0.288	81	0.171	1518	X-RAY DIFFRACTION	98.948
6.973-8.537	0.247	72	0.19	1231	X-RAY DIFFRACTION	94.9017
8.537-12.055	0.283	37	0.246	830	X-RAY DIFFRACTION	80.6512
12.055-30.093	0.375	31	0.318	483	X-RAY DIFFRACTION	83.9869

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関連情報:EMDBヘッダ

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