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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7emu | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the HasAp V37G Mutant Capturing Manganese Tetraphenylporphyrin | ||||||||||||
要素 | Heme acquisition protein HasAp | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Mn-5,10,15,20-Tetraphenylporphyrin / Heme acquisition protein HasAp 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022 タイトル: Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein. 著者: Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ueda, G. / Hatano, M. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7emu.cif.gz | 99.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7emu.ent.gz | 73.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7emu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7emu_validation.pdf.gz | 847.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7emu_full_validation.pdf.gz | 848.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7emu_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7emu_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7emu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7emoC 7empC 7emqC 7emrC 7emsC 7emtC 7emvC 7emwC 7vm1C 3ellS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18788.377 Da / 分子数: 1 / 変異: V37G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD33 |
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#2: 化合物 | ChemComp-J7X / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 % / Mosaicity: 0.15 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6 / 詳細: 50mM Citric acid/NaOH (pH 3.6), 10% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→39.8 Å / Num. obs: 45004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 27.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ELL 解像度: 1.35→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.762 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.53 Å2 / Biso mean: 25.636 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→39.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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