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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7emt | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the HasAp V37G Mutant Capturing Iron Tetraphenylporphyrin | ||||||||||||
![]() | Heme acquisition protein HasAp | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / HEME ACQUISITION PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Chem-MQP / Heme acquisition protein HasAp![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein. 著者: Shisaka, Y. / Sakakibara, E. / Suzuki, K. / Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ueda, G. / Hatano, M. / Sugimoto, H. / Shoji, O. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7emoC ![]() 7empC ![]() 7emqC ![]() 7emrC ![]() 7emsC ![]() 7emuC ![]() 7emvC ![]() 7emwC ![]() 7vm1C ![]() 3ellS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18788.377 Da / 分子数: 1 / 変異: V37G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MQP / [ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % / Mosaicity: 0.16 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6 / 詳細: 50mM Citric acid/NaOH (pH 3.6), 10% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→44.14 Å / Num. obs: 19112 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 29.8 / Num. measured all: 252813 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ELL 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 5.087 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.9 Å2 / Biso mean: 46.19 Å2 / Biso min: 35.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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