PDB-7eml: Structure of IrCp* immobilized apo-D38H-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eml

タイトル

Structure of IrCp* immobilized apo-D38H-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Iron storage protein / Ir binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Ueno, T. / Mazumdar, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Controlled Uptake of an Iridium Complex inside Engineered apo-Ferritin Nanocages: Study of Structure and Catalysis.
著者: Taher, M. / Maity, B. / Nakane, T. / Abe, S. / Ueno, T. / Mazumdar, S.

履歴

登録	2021年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eml.cif.gz	63.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eml.ent.gz	44.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eml_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eml_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7eml_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7eml_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7eml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7eml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7emmC 7w7jC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h7g-1 2v2s-1 3o7s-1 2zg8-1 5e1u-1 2za6-1 6hju-1 7emm-1 2v2r-1 5gu2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion DLS X-ray crystal structure
526 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.937, 181.937, 181.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- CD
2	1	A-207- CD
3	1	A-208- CD
4	1	A-210- CD

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19895.486 Da / 分子数: 1 / 変異: D38H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 7種, 253分子

#2: 化合物	ChemComp-RIR / [(1,2,3,4,5-Eta)-1,2,3,4,5-Pentamethylcyclopentadienyl]iridium(III) / 1,2,3,4,5-ペンタメチル-2,4-シクロペンタジエニルイリジウム(I) 分子量: 327.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅Ir / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-IR / IRIDIUM ION 分子量: 192.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→45.526 Å / Num. obs: 71305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 72.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 71305 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.25→41.739 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.167 / SU B: 0.482 / SU ML: 0.021 / Average fsc free: 0.9589 / Average fsc work: 0.9613 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	3571	5.008 %
R_work	0.1714	67732	-
all	0.172	-	-
obs	-	71303	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1381	0	39	238	1658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.201	1.662	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.581	1.59	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.654	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.339	22.268	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.427	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.42	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.293	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.312	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.41	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.49	1.242	731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.482	1.237	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.293	1.861	921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.292	1.866	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.695	1.557	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.611	1.548	835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.98	2.231	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.964	2.21	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.98	17.061	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.704	16.116	1859

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.376	266	0.393	4898	0.392	5164	0.919	0.915	100	0.363
1.282-1.318	0.354	248	0.305	4794	0.308	5043	0.926	0.93	99.9802	0.275
1.318-1.356	0.252	254	0.245	4678	0.245	4932	0.946	0.945	100	0.217
1.356-1.397	0.214	237	0.208	4539	0.208	4776	0.948	0.954	100	0.178
1.397-1.443	0.198	236	0.185	4401	0.186	4637	0.954	0.955	100	0.159
1.443-1.494	0.18	233	0.156	4274	0.157	4507	0.959	0.967	100	0.137
1.494-1.55	0.167	220	0.146	4124	0.147	4344	0.967	0.972	100	0.131
1.55-1.613	0.16	225	0.145	3945	0.146	4170	0.972	0.973	100	0.133
1.613-1.685	0.153	184	0.139	3847	0.14	4031	0.973	0.976	100	0.129
1.685-1.767	0.158	203	0.143	3652	0.144	3855	0.97	0.975	100	0.135
1.767-1.862	0.16	173	0.146	3499	0.147	3672	0.974	0.976	100	0.14
1.862-1.975	0.172	179	0.157	3305	0.158	3484	0.972	0.974	100	0.154
1.975-2.111	0.173	153	0.162	3155	0.162	3308	0.972	0.976	100	0.161
2.111-2.28	0.146	163	0.146	2906	0.146	3069	0.98	0.98	100	0.148
2.28-2.497	0.161	152	0.14	2690	0.141	2842	0.975	0.977	100	0.147
2.497-2.79	0.165	121	0.146	2482	0.147	2603	0.972	0.974	100	0.155
2.79-3.219	0.165	116	0.154	2199	0.154	2315	0.97	0.969	100	0.168
3.219-3.937	0.177	96	0.159	1886	0.16	1982	0.968	0.971	100	0.178
3.937-5.543	0.191	75	0.195	1510	0.195	1586	0.972	0.974	99.937	0.219
5.543-41.739	0.345	37	0.319	948	0.32	985	0.928	0.939	100	0.347

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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