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- PDB-7emk: Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7emk
タイトルDendrorhynchus zhejiangensis ferritin
要素Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Dendrorhynchus zhejiangensis / Ferritin
機能・相同性: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Dendrorhynchus sinensis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huan, H.S. / Ming, T.H. / Su, X.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41676159 中国
引用ジャーナル: Biochemical and Biophysical Research Communications
年: 2020
タイトル: Structure determination of ferritin from Dendrorhynchus zhejiangensis
著者: Huan, H.S. / Jiang, Q.Q. / Wu, Y. / Qiu, X.T. / Lu, C.Y. / Su, C. / Zhou, J. / Li, Y. / Ming, T.H. / Su, X.R.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,21048
ポリマ－19,5221
非ポリマー1,68847
水1,27971
1
A: Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,0451152
ポリマ－468,52824
非ポリマー40,5171128
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area95340 Å2
ΔGint-823 kcal/mol
Surface area137580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.790, 151.790, 151.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

FE

21A-206-

FE

31A-207-

FE

41A-208-

FE

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dendrorhynchus zhejiangensis ferritin


分子量: 19521.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dendrorhynchus sinensis (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.04 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, and 28% (v/v) polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.96003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13520 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 513539
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3437.40.7876610.9840.130.7970.524100
2.34-2.3836.80.8126610.9880.1380.8240.722100
2.38-2.4335.30.6556550.990.110.6650.53100
2.43-2.4833.40.556540.9920.0940.5580.54799.5
2.48-2.5339.80.4936710.9930.0780.4990.531100
2.53-2.5940.80.4526580.9940.0710.4580.58100
2.59-2.6640.80.3956550.9950.0620.40.572100
2.66-2.7340.60.3336630.9960.0530.3370.637100
2.73-2.8140.10.296720.9970.0460.2930.636100
2.81-2.939.80.2426700.9970.0390.2460.712100
2.9-339.50.26650.9980.0320.2020.775100
3-3.12390.176670.9980.0270.1720.915100
3.12-3.2637.90.1446720.9980.0240.1461.026100
3.26-3.4436.70.1226780.9990.020.1241.3100
3.44-3.6532.70.0996730.9990.0170.11.628100
3.65-3.9340.70.0916810.9990.0140.0921.711100
3.93-4.3340.30.086930.9990.0130.0811.923100
4.33-4.9539.20.0816880.9990.0130.0832.206100
4.95-6.2436.70.0847140.9990.0140.0852.288100
6.24-5032.70.0697690.9990.0120.072.6100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.863 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1883 684 5.1 %RANDOM
Rwork0.1517 ---
obs0.1536 12829 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.3 Å2 / Biso mean: 30.451 Å2 / Biso min: 18.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1358 0 53 71 1482
Biso mean--64.74 33.05 -
残基数----168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0141391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.651866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0311.6542845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2445167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42923.41285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67515251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.238158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02262
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.364 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 46 -
Rwork0.18 922 -
all-968 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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