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- PDB-7emc: Mooring Stone-Like Arg114 Pulls Diverse Bulged Peptides: First In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7emc
タイトルMooring Stone-Like Arg114 Pulls Diverse Bulged Peptides: First Insight into African Swine Fever Virus-Derived T Cell Epitopes Presented by Swine Major Histocompatibility Complex Class I
要素
  • ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL
  • Beta-2-microglobulin
  • Leucocyte antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucocyte antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
uncultured virus (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yue, C. / Xiang, W. / Huang, X. / Sun, Y. / Xiao, J. / Liu, K. / Sun, Z. / Qiao, P. / Li, H. / Gan, J. ...Yue, C. / Xiang, W. / Huang, X. / Sun, Y. / Xiao, J. / Liu, K. / Sun, Z. / Qiao, P. / Li, H. / Gan, J. / Ba, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, P. / Qi, P. / Zhao, Y. / Li, Y. / Qiu, H.J. / Gao, G.F. / Gao, G. / Liu, W.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Mooring Stone-Like Arg 114 Pulls Diverse Bulged Peptides: First Insight into African Swine Fever Virus-Derived T Cell Epitopes Presented by Swine Major Histocompatibility Complex Class I.
著者: Yue, C. / Xiang, W. / Huang, X. / Sun, Y. / Xiao, J. / Liu, K. / Sun, Z. / Qiao, P. / Li, H. / Gan, J. / Ba, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, P. / Qi, P. / Zhao, Y. / Li, Y. / Qiu, H.J. / Gao, G. ...著者: Yue, C. / Xiang, W. / Huang, X. / Sun, Y. / Xiao, J. / Liu, K. / Sun, Z. / Qiao, P. / Li, H. / Gan, J. / Ba, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, P. / Qi, P. / Zhao, Y. / Li, Y. / Qiu, H.J. / Gao, G.F. / Gao, G. / Liu, W.J.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucocyte antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL
D: Leucocyte antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL
G: Leucocyte antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,7339
ポリマ－133,7339
非ポリマー00
水25,5091416
1
A: Leucocyte antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5783
ポリマ－44,5783
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
D: Leucocyte antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5783
ポリマ－44,5783
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
3
G: Leucocyte antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5783
ポリマ－44,5783
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.534, 110.632, 136.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.422, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Leucocyte antigen / MHC class I antigen


分子量: 31825.113 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: sla-, SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O19075
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11708.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド ALA-THR-GLU-ILE-ARG-GLU-LEU-LEU-VAL


分子量: 1044.222 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) uncultured virus (環境試料)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH6.5,16%w/v polyethylene glycol 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 95001 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.92
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Num. unique obs: 95001

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.13_2998データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ3

3qq3


解像度: 1.9→45.21 Å / SU ML: 0.1832 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7025 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 4738 5 %
Rwork0.1802 90067 -
obs0.1825 94805 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9372 0 0 1416 10788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00689637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.835613096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05141336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.09926294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.29571310.22862860X-RAY DIFFRACTION94.23
1.92-1.940.26641360.20432977X-RAY DIFFRACTION97.01
1.94-1.970.24761420.18292988X-RAY DIFFRACTION96.99
1.97-1.990.23261650.17112976X-RAY DIFFRACTION97.21
1.99-2.020.23841500.1742961X-RAY DIFFRACTION97.46
2.02-2.040.22111620.18142935X-RAY DIFFRACTION97.39
2.04-2.070.23221690.17893031X-RAY DIFFRACTION97.44
2.07-2.10.26441560.18482936X-RAY DIFFRACTION97.45
2.1-2.140.25821490.1832978X-RAY DIFFRACTION97.48
2.14-2.170.25081530.18013014X-RAY DIFFRACTION97.96
2.17-2.210.22251560.17822967X-RAY DIFFRACTION97.65
2.21-2.250.20481700.18012969X-RAY DIFFRACTION97.82
2.25-2.290.23881600.17913008X-RAY DIFFRACTION97.96
2.29-2.340.22791610.18662974X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.390.22761560.18533015X-RAY DIFFRACTION98.11
2.39-2.450.25161620.18533062X-RAY DIFFRACTION98.41
2.45-2.510.23791420.18542975X-RAY DIFFRACTION98.55
2.51-2.580.22911720.18843019X-RAY DIFFRACTION98.67
2.58-2.650.24661600.1993005X-RAY DIFFRACTION98.81
2.65-2.740.24511910.18793020X-RAY DIFFRACTION98.71
2.74-2.830.22091610.19163000X-RAY DIFFRACTION98.94
2.83-2.950.22681700.18193069X-RAY DIFFRACTION98.99
2.95-3.080.2221840.18362958X-RAY DIFFRACTION98.99
3.08-3.240.23671650.18583062X-RAY DIFFRACTION99.17
3.24-3.450.23241530.17313069X-RAY DIFFRACTION98.96
3.45-3.710.19521570.16783013X-RAY DIFFRACTION99.03
3.71-4.090.19461590.16843066X-RAY DIFFRACTION98.93
4.09-4.680.18771450.15463038X-RAY DIFFRACTION98.73
4.68-5.890.21771480.16693104X-RAY DIFFRACTION98.97
5.89-45.210.22511530.20053018X-RAY DIFFRACTION96.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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