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- PDB-7em7: Crystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-XTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7em7
タイトルCrystal structure of the PI5P4Kbeta N203D-XTP complex
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
キーワードTRANSFERASE / Lipid Kinase / Phosphoinositide signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZC / Chem-CZF / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Senda, M. / Senda, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101001 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The GTP responsiveness of PI5P4K beta evolved from a compromised trade-off between activity and specificity.
著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / ...著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / Sasaki, A.T. / Senda, T.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8284
ポリマ－89,8602
非ポリマー9682
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.213, 185.857, 106.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 33 through 34 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 33 through 34 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALGLUA2 - 203
d_12ens_1GLNGLNA205
d_13ens_1GLYLYSA210 - 215
d_14ens_1PHEGLNA217 - 250
d_15ens_1GLYPROA259 - 279
d_16ens_1GLUTHRA282 - 293
d_17ens_1GLUILEA297 - 310
d_21ens_1VALLYSD1 - 177
d_22ens_1VALGLUD181 - 205
d_23ens_1GLNGLND207
d_24ens_1GLYLYSD212 - 217
d_25ens_1PHETHRD219 - 285
d_26ens_1GLUILED288 - 301

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999567279031, 0.00608285041956, -0.0287793957666), (0.0119951680711, -0.8090492602, -0.587618422544), (-0.0268583438221, -0.58770936142, 0.808626202807)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999567279031, 0.00608285041956, -0.0287793957666), (0.0119951680711, -0.8090492602, -0.587618422544), (-0.0268583438221, -0.58770936142, 0.808626202807)
ベクター: 77.6385070992, 49.3723939485, 17.1982943171)

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta


分子量: 44929.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B, PIP5K2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-CZC / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate / xanthosine diphosphate / XDP


分子量: 444.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CZF / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / xanthosine triphosphate / XTP


分子量: 524.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N4O15P3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 9%(W/V) PEG4000, 0.1 M Sodium Citrate pH 6.0, 0.1 M Magnesium Acetate, 0.1 M Lithium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.64 Å / Num. obs: 14659 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 118.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 15.08
反射 シェル解像度: 3.45→3.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.891 / Num. unique obs: 2134

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C55

7c55
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.45→48.64 Å / SU ML: 0.5482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.2344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 731 4.99 %
Rwork0.2389 13914 -
obs0.2416 14645 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 60 0 4536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01064668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29346400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6167742
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.888427498446 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.720.38651420.3062732X-RAY DIFFRACTION99.79
3.72-4.090.32491450.24472745X-RAY DIFFRACTION99.9
4.09-4.680.251450.21052760X-RAY DIFFRACTION99.9
4.68-5.90.29071470.23382793X-RAY DIFFRACTION99.93
5.9-48.640.2931520.23892884X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.817566169813.848570215982.064153639244.818109131361.416363223357.59183514911-0.337544442365-0.096040203111-0.303538107032-0.02267411847890.2413577191730.1238694458480.03239157698030.818694415340.1464824740150.624330592509-0.00297999101430.1056545823790.6160059807290.1153961163210.57514954732245.031705109343.0933175317-9.74552488341
2-0.0400406513106-0.56162969190.209861533536.618459036555.704920128548.71794312904-0.2163652714180.5138568281370.745578593036-0.3359220103020.1316335867190.315999633033-0.907072790840.3201853498310.1111704255160.530897767607-0.143407600678-0.02781057075121.118714742430.2474975717880.94031716341245.003968422259.145988603-3.82725312667
36.49633267926-3.507677233442.575519192666.60537211172-0.5091883728963.815626653020.7300805699250.6400244401290.477648827353-2.151678598160.0133079832934-0.64595272364-0.07958332785250.162113253266-0.7605183660581.14280522333-0.2917111784370.1344702683051.28006876306-0.3394863230390.99331816122758.53661565166.10710480785.20859508082
45.3417995273-0.0106498806849-3.526120686826.152998563031.684320267679.09723036750.130288527478-0.770524833970.7700704229090.2196580030430.532150479683-0.536712539690.3391730211410.961661795149-0.6942843495820.86660185518-0.1377413006010.05058687308660.913459287279-0.1772833012270.76136582195247.317787099761.43230258579.22983132804
53.961799594611.315286388484.813806652997.475193945736.697677339719.51790224369-0.129926547578-0.2339910204693.73817733244-3.100624051192.79796462161-1.04365714035-3.010507663534.19740270698-2.401891699841.46062031769-0.6496035992150.3700654668121.95668086226-0.5498082597941.9174180163261.149449950669.5707282732-0.040628171775
67.393396121181.935542363541.923065579251.316521460830.05363618970555.8785436627-0.2568442573180.05239856482080.3629160463930.1179969744820.425497296538-0.273667062271-0.06170398328520.056508499091-0.137700343570.8776554964170.04485473777240.1018771684350.606974332187-0.1469580170030.77546053214234.998861001625.6349126844-16.8486204841
74.489767823681.51472856809-0.07878168746623.59992928596-1.264786366265.16559698288-0.1597009083260.967850978354-0.646147392809-0.5087774270770.15534748358-0.1204754836081.345545151870.699823088894-0.0965753990141.14097787893-0.005206617219870.1227650302570.969036115432-0.2285553020790.76030809900130.813458213410.564131133-19.588875855
84.975465688651.494802022874.202433240022.22863060840.7159730506013.66662523534-1.473011267172.79085298298-4.68846892675-2.010040019731.36051457945-0.5247548241541.84651575481.35599048719-0.6118894335082.36104358206-0.5978546776260.6100007141771.85673731322-0.4258708885782.5011809160231.4438307265-12.4953608671-22.3003643459
98.07033185672-3.45893540329-1.791306954735.9455691413-1.400156858061.81353358140.5040143858180.6424954458361.36753518073-0.615465424446-0.9508603356721.583640427380.0693504474473-0.7460163962560.3168935496542.13669778468-0.387668139355-0.1689073022020.6282660937380.04771290467361.6389177423813.72521262640.034350238993-18.5505046325
102.411887820841.532558724831.658552558084.4749874046-2.922889005545.134956392850.134751182727-0.238052896083-0.0669188107229-0.848627966901-0.908353182997-0.8365223082032.511882115980.07354344590660.3672403289942.412528174820.270629781826-0.06271343795820.5655732931630.01894985742191.1050063446127.7334975655-3.1750280485-14.7381237457
111.544277031660.4170024744460.3290101582793.232913078922.686983224613.022760533980.172291476319-0.01803610472250.3849645103650.301167506439-0.2622967223260.49024474942-0.243724679746-0.2610062899271.275849362612.36339963996-0.819775334698-1.149208281270.42970159922-1.03325013221.3827087868216.2720861958-5.18705768523-27.4623492976
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 32 through 174 )AA32 - 1741 - 134
22chain 'A' and (resid 175 through 239 )AA175 - 239135 - 196
33chain 'A' and (resid 240 through 273 )AA240 - 273197 - 230
44chain 'A' and (resid 274 through 399 )AA274 - 399231 - 295
55chain 'A' and (resid 400 through 416 )AA400 - 416296 - 312
66chain 'B' and (resid 33 through 109 )BD33 - 1091 - 77
77chain 'B' and (resid 110 through 229 )BD110 - 22978 - 188
88chain 'B' and (resid 230 through 254 )BD230 - 254189 - 213
99chain 'B' and (resid 255 through 273 )BD255 - 273214 - 232
1010chain 'B' and (resid 274 through 400 )BD274 - 400233 - 287
1111chain 'B' and (resid 401 through 414 )BD401 - 414288 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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