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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7elr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of xanthine riboswitch with xanthine | ||||||
要素 | NMT1 (46-MER) | ||||||
キーワード | RNA / riboswitch / xanthine | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / XANTHINE / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ideonella sp. B508-1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, X.C. / Ren, A.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: Insights into xanthine riboswitch structure and metal ion-mediated ligand recognition. 著者: Xu, X. / Egger, M. / Chen, H. / Bartosik, K. / Micura, R. / Ren, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7elr.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7elr.ent.gz | 47.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7elr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7elr_validation.pdf.gz | 5.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7elr_full_validation.pdf.gz | 5.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7elr_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7elr_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/7elr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/7elr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 14558.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ideonella sp. B508-1 (バクテリア) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate, 10% (v/v) isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.102 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.102 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 9559 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.802 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 114293 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ELP 解像度: 2.66→48.12 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 41.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.25 Å2 / Biso mean: 100.0237 Å2 / Biso min: 61.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.66→48.12 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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