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- PDB-7elp: Crystal structure of xanthine riboswitch with xanthine, iridium h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7elp
タイトルCrystal structure of xanthine riboswitch with xanthine, iridium hexammine soak
要素NMT1_Ir(46-MER)
キーワードRNA / riboswitch / xanthine
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / XANTHINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Ideonella sp. B508-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Xu, X.C. / Ren, A.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Insights into xanthine riboswitch structure and metal ion-mediated ligand recognition.
著者: Xu, X. / Egger, M. / Chen, H. / Bartosik, K. / Micura, R. / Ren, A.
履歴
登録2021年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NMT1_Ir(46-MER)
B: NMT1_Ir(46-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,43425
ポリマ－29,1182
非ポリマー2,31623
水1,53185
1
A: NMT1_Ir(46-MER)
ヘテロ分子

B: NMT1_Ir(46-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,43425
ポリマ－29,1182
非ポリマー2,31623
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_657x+1,y,z+21
Buried area3330 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.465, 100.192, 40.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 NMT1_Ir(46-MER)


分子量: 14558.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sp. B508-1 (バクテリア)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

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非ポリマー , 5種, 108分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン


分子量: 152.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M calcium acetate, 10% (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 15338 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 2.428 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.911.61.2278220.7090.3691.2830.40799.2
2.9-3.0213.10.6568200.9610.1850.6820.438100
3.02-3.1513.10.3248400.9870.0920.3370.519100
3.15-3.32130.2048280.9920.0580.2130.563100
3.32-3.5312.80.1588210.9940.0450.1650.77100
3.53-3.811.90.1098450.9920.0320.1141.214100
3.8-4.1813.40.0968500.9910.0270.0991.605100
4.18-4.79130.088450.9970.0230.0831.937100
4.79-6.0311.80.0798710.9920.0230.0823.46499.8
6.03-5011.80.1519350.9810.0490.15912.92299.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→39.73 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 808 5.27 %
Rwork0.215 14530 -
obs0.2181 15338 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.16 Å2 / Biso mean: 84.6506 Å2 / Biso min: 54.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→39.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1998 41 85 2124
Biso mean--79.62 82.62 -
残基数----92
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.79-2.960.48211300.378235096
2.96-3.190.31851430.23222448100
3.19-3.510.31441480.25752401100
3.51-4.020.31151260.21012492100
4.02-5.060.28821260.21132439100
5.06-39.730.22021350.1904240098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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