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- PDB-7el2: Crystal structure of apo-HpaR from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7el2
タイトルCrystal structure of apo-HpaR from Acinetobacter baumannii
要素Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MarR family of transcription regulators / Transcription factor in HPA-degradation pathway / Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator HpaR/FarR / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Permsirivisarn, P. / Pakotiprapha, D.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
The Thailand Research Fund (TRF)RSA6280087 タイ
The Thailand Research Fund (TRF)RTA5980001 タイ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Mechanism of transcription regulation by Acinetobacter baumannii HpaR in the catabolism of p-hydroxyphenylacetate.
著者: Permsirivisarn, P. / Yuenyao, A. / Pramanpol, N. / Charoenwattanasatien, R. / Suginta, W. / Chaiyen, P. / Pakotiprapha, D.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR
B: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0092
ポリマ－33,0092
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR

B: Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0092
ポリマ－33,0092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
Buried area3830 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.069, 78.932, 86.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR


分子量: 16504.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: hpaR, EWO92_01730, EWO96_02085, EWP49_02085, FD887_17210
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q4GPX4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM sodium acetate, 150 mM CaCl2 and 20% (w/v) PEG6000)
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.69 Å / Num. obs: 15795 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 41.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.7 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1323 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.232 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2-3472精密化
Blu-Iceデータ収集
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AIQ

5aiq


解像度: 2.2→28.69 Å / SU ML: 0.3307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 32.0271
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1461 4.99 %
Rwork0.2294 27810 -
obs0.2303 15739 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 0 57 2120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04612793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9546828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.39731520.33462752X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.370.28871550.30812777X-RAY DIFFRACTION99.83
2.37-2.480.36221430.28222771X-RAY DIFFRACTION99.52
2.48-2.610.28331310.27562835X-RAY DIFFRACTION99.9
2.61-2.770.29681600.25892763X-RAY DIFFRACTION99.83
2.77-2.990.26051290.27052802X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.290.29191560.25022803X-RAY DIFFRACTION99.93
3.29-3.760.23041390.222810X-RAY DIFFRACTION99.9
3.76-4.730.18671610.18212762X-RAY DIFFRACTION99.97
4.73-28.690.21931350.20632735X-RAY DIFFRACTION97.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.094594680031.31565987161-0.01060286084544.00520155455-0.1241885213330.381415836927-0.3714287896950.4249191794040.1519334970090.2267115300610.4672260881870.0830135571326-0.264971322177-0.224927659484-0.1957654326140.727187177048-0.0176158940661-0.01688682436680.469417332590.05448710345950.36897981745-4.6379884076614.3397874808-15.8970646913
25.868433267850.467057377933-1.517680394638.73442247435-0.7589769406128.68449964217-0.169324275284-0.156690173211-0.04199547874580.3386356213290.186312066474-0.4852818812040.4112493589090.756607140311-0.0296327623110.3765705064520.07674152385460.0222817529420.367788796259-0.01255357355070.330329926216-1.77749566989-5.63423417151-6.3609341579
31.550280054372.96212578976-0.8269637867377.75565164223-6.437254860339.74965587749-0.2203790333760.169708501453-0.0937193559975-0.4188365526670.6772420598160.08514486965210.651850808338-1.04460370538-0.6528738453690.450075312447-0.0482250755567-0.01992146387460.4992921302230.01800673052640.456740427969-15.26414504990.545993246592-17.0991228129
48.238001191942.66653744684.130341207816.788719969092.627253338579.112128202970.598593071920.18943430278-0.8318981667240.274596614431-0.373526837527-0.626760093663-0.9418680084050.202598030766-0.1678937863310.558765825112-0.133650919114-0.004375027382410.3484617975240.04600002811850.420210394343-1.863901309746.47385723167-29.9316893524
53.07199341157-2.431820952620.546029011137.06965624015-2.026823479151.11327616066-0.34015853816-0.0352879331572-0.437112835635-0.3873752816440.3231563700960.7765335818230.292416365333-0.06695619435110.06274632684550.5852600957070.0552285377866-0.04103084067030.517873113182-0.0003912769234320.44338429019-9.13024610485-22.0388874474-28.782544371
63.80012368396-0.230003555648-1.18163959384.01453410226-1.222155694964.43538377436-0.314133739930.2933250561310.0186522823995-1.038458880410.379650873208-0.4063770044980.3438147082750.759421851612-0.1628934564860.778295453080.0606288878425-0.03717526340410.547620566949-0.06584618702830.527333606713-2.0972626796-11.6953448627-37.6139027127
78.004517029814.420040173953.072258356764.40949221521.01885853978.06943860458-0.5624024528570.551546269383-0.0961592997004-1.350484464120.642502171709-0.137765336756-0.2877408623450.528422977065-0.04367487475420.6030945940540.00846712918521-0.0246254580230.417009826022-0.0813003808890.405009037999-5.76765201586-1.83200358874-38.6237123752
81.72872658133-1.370785678040.2647680652793.92013633281-5.127505926119.25441685284-0.56168946622-0.203279617656-0.05989901251650.6198535601710.4230736746090.2773076442870.0527507747853-0.4246140718690.01532087113060.5649582938210.117254249441-0.0203723513620.576406841110.06062535586290.590467677046-16.7787599313-16.9713211808-22.2072029405
98.58931995570.968335205285-1.648190362876.23253245440.01892390303126.550333904820.21911179215-0.7388969756380.5737639587610.402842793508-0.1646917705950.103961425484-2.15558324359-0.230438839511-0.09229634982361.089395103770.2501337444490.04901896211710.460386512940.0579451032220.490998797920.123921635409-22.9237054322-13.5445009076
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 30 )AA3 - 301 - 28
22chain 'A' and (resid 31 through 95 )AA31 - 9529 - 85
33chain 'A' and (resid 96 through 120 )AA96 - 12086 - 110
44chain 'A' and (resid 121 through 136 )AA121 - 136111 - 126
55chain 'B' and (resid 7 through 46 )BB7 - 461 - 40
66chain 'B' and (resid 47 through 74 )BB47 - 7441 - 68
77chain 'B' and (resid 75 through 95 )BB75 - 9569 - 85
88chain 'B' and (resid 96 through 120 )BB96 - 12086 - 110
99chain 'B' and (resid 121 through 138 )BB121 - 138111 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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