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- PDB-7el1: Structure of a protein from bacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7el1
タイトルStructure of a protein from bacteria
要素
  • 100AA
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
  • RNA (73-MER)
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease ...: / CRISPR-associated endonuclease Cas9, C-terminal domain / Cas9, PI domain / Cas9, WED domain / CRISPR-Cas9 WED domain / CRISPR-Cas9 PI domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Liu, H. / Zhu, Y. / Huang, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31825008 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31422014 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Staphylococcus aureus Cas9 inhibition by AcrIIA14.
著者: Liu, H. / Zhu, Y. / Lu, Z. / Huang, Z.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: RNA (73-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*G)-3')
E: 100AA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,4825
ポリマ－170,4825
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)330.585, 105.222, 68.551
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.71, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9 / SaCas9


分子量: 124083.648 Da / 分子数: 1 / 変異: N580A, C946A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cas9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: J7RUA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#5: タンパク質 100AA


分子量: 11937.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8469.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2465.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 127分子 B

#2: RNA鎖 RNA (73-MER)


分子量: 23525.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0M sodium citrate dihydrate, 0.3M imidazol-Hcl (pH 10.0), 0.02M sodium malonate (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→68.47 Å / Num. obs: 116344 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.714 / Num. unique obs: 16935

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.11精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5czz

5czz


解像度: 2.22→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 5623 -
Rwork0.2132 --
obs-116174 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9232 2270 0 126 11628
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.34 Å /
反射数%反射
obs16935 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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