PDB-7eka: crystal structure of epigallocatechin binding with alpha-lactalbumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eka

タイトル

crystal structure of epigallocatechin binding with alpha-lactalbumin

要素

Alpha-lactalbumin

キーワード

LIGASE / alpha-lactalbumin / epigallocatechin

機能・相同性

機能・相同性情報

response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Ma, J. / Yao, Q. / Chen, X. / Zang, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Weak Binding of Epigallocatechin to alpha-Lactalbumin Greatly Improves Its Stability and Uptake by Caco-2 Cells.
著者: Ma, J. / Yao, Q. / Chen, X. / Lv, C. / Zang, J. / Zhao, G.

履歴

登録	2021年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2026年3月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eka.cif.gz	64.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eka.ent.gz	45.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7eka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7eka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1alcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.344, 69.344, 59.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH

#1: タンパク質	Alpha-lactalbumin / Lactose synthase B protein 分子量: 13959.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LALBA, ALACTA / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00711
#2: 化合物	ChemComp-EGT / 2-(3,4,5-TRIHYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-3,5,7-TRIOL / EPIGALLOCATECHIN 分子量: 306.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2000 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate buffer (pH 5.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å

検出器

タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9779 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→40 Å / Num. obs: 50847 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 2.191 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.37-1.4	8.2	0.22	1495	0.967	0.081	0.235	1.736	83.9
1.4-1.43	9.7	0.209	1802	0.977	0.071	0.221	1.885	100
1.43-1.45	9.7	0.194	1807	0.979	0.066	0.205	2.008	100
1.45-1.49	9.6	0.185	1788	0.981	0.064	0.196	2.086	100
1.49-1.52	9.4	0.166	1787	0.985	0.058	0.176	2.267	100
1.52-1.56	8.9	0.162	1788	0.984	0.058	0.172	2.376	100
1.56-1.6	9.2	0.142	1789	0.989	0.05	0.151	2.351	100
1.6-1.65	9.8	0.132	1794	0.99	0.045	0.139	2.383	100
1.65-1.7	9.8	0.123	1819	0.99	0.042	0.13	2.345	100
1.7-1.76	9.6	0.113	1781	0.993	0.039	0.119	2.419	100
1.76-1.83	9.1	0.105	1791	0.993	0.037	0.111	2.418	100
1.83-1.92	9.3	0.096	1808	0.993	0.033	0.102	2.504	100
1.92-2.02	10	0.086	1787	0.995	0.029	0.091	2.51	100
2.02-2.14	10	0.079	1794	0.996	0.026	0.084	2.422	100
2.14-2.31	9.6	0.073	1816	0.997	0.025	0.078	2.383	100
2.31-2.54	9.7	0.063	1807	0.997	0.021	0.067	2.036	100
2.54-2.91	10.3	0.057	1811	0.998	0.019	0.06	1.804	100
2.91-3.66	9.5	0.051	1834	0.998	0.017	0.054	1.888	100
3.66-40	9.9	0.048	1852	0.998	0.016	0.051	1.759	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000	3.27	データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHENIX		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ALC

1alc

解像度: 1.2→21.21 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1763	1999	3.93 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1686	50846	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→21.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	975	0	22	185	1182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.848	1383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.71	125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.23	0.225	141	0.2052	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.26	0.2281	141	0.1986	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.3	0.1847	140	0.1837	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.34	0.2157	141	0.1794	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.39	0.1863	139	0.1765	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.45	0.1836	143	0.1756	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.51	0.198	148	0.1706	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.59	0.171	146	0.1681	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.69	0.1835	144	0.1671	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.82	0.1867	141	0.1717	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-2	0.18	143	0.1712	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.29	0.1811	148	0.1602	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.89	0.1648	144	0.1675	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-21.21	0.157	140	0.1599	3572	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)