PDB-7ejt: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ejt

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A) in complex with maltoheptaose

要素

4-alpha-glucanotransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen biosynthetic process / glycogen catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Shen, M. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides.
著者: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ejt.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ejt.ent.gz	1008.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ejt_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ejt_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7ejt_validation.xml.gz	102.3 KB	表示
CIF形式データ	7ejt_validation.cif.gz	137.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7eimC 7ejpC 7ekwC 7ekxC 5d0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ekx-2 7ekx-1 5d06-2 7ejt-2 5d06-1 5d0f-2 5d0f-1 1qdb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

354 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.387, 199.268, 133.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))
2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	A	3 - 1528
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	A	2004
1	3	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	A	2002
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	B	3 - 1528
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	B	2004
2	3	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2004 or resid 2002))	B	2002

#1: タンパク質

4-alpha-glucanotransferase / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase / Dextrin 6-alpha-D-glucosidase / Glycogen debrancher / Glycogen ...

分子量: 175429.406 Da / 分子数: 2 / 変異: W470A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: GDB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→40.48 Å / Num. obs: 66972 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.43
反射シェル	解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 3348 / CC_1/2: 0.624

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D0F

5d0f

解像度: 3.2→40.48 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2675	3360	5.09 %
R_work	0.2549	62711	-
obs	0.2556	66071	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 223.74 Å² / B_iso mean: 113.0356 Å² / B_iso min: 59.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→40.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24538	0	215	0	24753
B_iso mean	-	-	126.74	-	-
残基数	-	-	-	-	3052

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	14608	X-RAY DIFFRACTION	10.084	TORSIONAL
1	2	B	14608	X-RAY DIFFRACTION	10.084	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2-3.25	0.4062	155	0.4161	2599	2754	100
3.25-3.29	0.376	146	0.382	2560	2706	100
3.29-3.35	0.374	130	0.3812	2638	2768	100
3.35-3.4	0.3955	143	0.3732	2606	2749	100
3.4-3.46	0.3869	131	0.3632	2589	2720	100
3.46-3.52	0.4251	124	0.3613	2655	2779	100
3.52-3.59	0.3642	136	0.3358	2589	2725	100
3.59-3.66	0.4062	129	0.3527	2603	2732	100
3.66-3.74	0.3733	132	0.3361	2624	2756	100
3.74-3.83	0.2861	149	0.3103	2614	2763	100
3.83-3.93	0.3425	149	0.337	2583	2732	99
3.93-4.03	0.3374	123	0.2914	2616	2739	100
4.03-4.15	0.287	158	0.2745	2585	2743	100
4.15-4.28	0.2563	147	0.264	2579	2726	100
4.28-4.44	0.2555	143	0.2546	2623	2766	100
4.44-4.61	0.2443	141	0.2457	2623	2764	100
4.61-4.82	0.234	131	0.2315	2594	2725	100
4.82-5.08	0.2454	144	0.2227	2634	2778	100
5.08-5.39	0.226	132	0.2199	2627	2759	100
5.4-5.81	0.2632	147	0.2347	2625	2772	100
5.81-6.39	0.2448	126	0.2361	2634	2760	100
6.39-7.31	0.284	147	0.2353	2618	2765	100
7.31-9.19	0.2017	152	0.1848	2632	2784	100
9.2-40.48	0.1729	145	0.1695	2661	2806	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.776	0.7106	-0.6807	2.5563	0.3241	2.5443	0.0413	-0.2494	0.0536	0.0341	0.1353	0.2985	0.2051	-0.4828	-0.3798	0.6231	-0.0456	-0.0046	1.0789	0.1138	0.6304	-52.6401	-4.0085	49.0255
2	1.2734	0.9315	-0.0949	1.4777	1.0872	1.9487	0.0839	-0.1634	-0.3512	0.4175	0.0622	-0.3888	0.8249	0.2167	-0.6817	1.1806	0.2015	-0.075	0.8915	0.038	0.9941	-27.5026	-30.5014	42.8979
3	1.542	-0.6644	1.4393	1.9925	-1.6709	4.2196	0.1115	-0.1356	-0.2167	-0.1836	0.2234	0.0417	0.3462	-0.1213	-0.2728	1.0709	-0.049	0.0069	0.8166	-0.0941	0.8523	-45.5771	-23.2512	2.5491
4	2.1886	-0.1375	0.3092	1.7412	-0.0036	0.4571	0.072	0.0486	-0.0865	-0.0035	0.0261	-0.0113	0.3563	0.1016	-0.0254	0.7825	0.0335	-0.0422	0.9527	0.0078	0.5378	-30.3177	-13.1385	41.6268
5	3.0998	0.7689	0.724	3.264	1.3651	1.4604	-0.0603	-0.4103	0.1373	0.2235	-0.0799	-0.0719	0.1937	0.0765	0.3077	0.5818	0.1599	-0.0936	1.2347	-0.0367	0.4848	-6.863	-3.7203	44.1922
6	1.6147	-0.9307	0.4806	2.5339	0.0386	2.2741	-0.1373	-0.2124	0.4057	0.3402	0.1216	-0.215	0.0205	-0.0853	0.1826	0.6022	-0.0242	-0.0754	1.0827	-0.1509	0.6765	-32.9598	23.5277	59.2456
7	2.3954	-1.1604	-0.4187	3.4607	0.7287	2.9933	0.0603	-0.06	0.211	-0.4987	0.0671	0.7037	-0.5558	-0.3865	-0.1621	0.7766	0.1442	-0.1622	0.878	0.0165	0.9066	-69.0383	38.6257	46.2287
8	1.282	0.3847	0.1531	2.9102	-0.6506	2.4181	0.0815	-0.1309	0.1759	-0.0064	0.2359	-0.3599	0.0027	0.3516	-0.0956	0.686	0.1118	0.0465	0.7437	-0.2232	0.8545	-93.252	4.2575	36.2867
9	1.7252	1.3349	0.4124	0.486	-0.1739	1.4961	0.2061	-0.0924	0.1798	0.011	-0.0783	0.1867	-0.7723	-0.2356	-0.1325	1.2447	0.294	0.075	0.636	-0.2045	0.9882	-118.1786	31.5963	36.0428
10	1.0009	0.4052	-1.1774	0.8968	1.8966	5.8018	-0.1807	0.5573	0.1222	-0.1273	-0.2086	0.3342	-0.5339	-0.7283	0.0544	1.2017	0.242	0.0098	0.9601	0.0347	0.9924	-109.9764	24.0765	-7.2253
11	2.3716	-0.3405	-0.439	2	0.179	1.381	0.0226	-0.0901	0.344	-0.0834	0.0014	-0.0839	-0.4101	-0.2941	0.1222	0.7491	0.1805	0.0241	0.6003	-0.1083	0.6379	-116.285	14.1643	34.0847
12	1.9117	0.3013	-0.1489	1.6932	-1.1944	2.3009	-0.0244	-0.1896	0.0425	-0.0265	0.1139	-0.0015	-0.3238	-0.3182	-0.1714	0.7602	0.2495	0.0589	1.0586	-0.1932	0.6514	-138.9069	5.4376	41.7172
13	2.6649	-0.2415	0.1107	2.7747	0.33	2.5634	-0.2491	-0.2773	-0.5849	0.5032	0.1379	0.4764	0.1635	-0.0898	-0.1431	0.828	0.1513	0.1257	0.5614	0.0874	0.76	-111.2102	-22.6409	50.5039
14	3.1676	-0.1294	-0.5409	3.5677	0.3297	2.1187	-0.419	-0.2949	-1.1707	0.0132	0.3118	-0.6212	0.5878	0.2817	0.0041	1.0885	0.3157	0.0394	0.6352	-0.1073	1.4528	-81.4963	-40.3611	36.2777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 131 )	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 237 )	A	132 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 498 )	A	238 - 498
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 499 through 749 )	A	499 - 749
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 750 through 869 )	A	750 - 869
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 870 through 1022 )	A	870 - 1022
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1203 through 1528 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 131 )	B	3 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 237 )	B	132 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 238 through 498 )	B	238 - 498
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 499 through 749 )	B	499 - 749
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 750 through 869 )	B	750 - 869
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 870 through 1022 )	B	870 - 1022
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1023 through 1528 )	B	0

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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