PDB-7ejp: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ejp

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A) in complex with maltohexaose

要素

4-alpha-glucanotransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen biosynthetic process / glycogen catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Shen, M. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides.
著者: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ejp.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ejp.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ejp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eimC 7ejtC 7ekwC 7ekxC 5d0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ejt-d 5d0f-d 7eim-d 7ekw-d 21312 7ekx-d 1578 5ipq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

354 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.537, 199.828, 133.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2003))
2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2003))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2003))	A	3 - 1528
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2003))	A	2003
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2003))	B	3 - 1528
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2003))	B	2003

#1: タンパク質

4-alpha-glucanotransferase / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase / Dextrin 6-alpha-D-glucosidase / Glycogen debrancher / Glycogen ...

分子量: 175429.406 Da / 分子数: 2 / 変異: W470A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: GDB1, CAGL0G09977g / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.91769 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→38.44 Å / Num. obs: 73954 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.74
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 3680 / CC_1/2: 0.427

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D0F

5d0f

解像度: 3.1→38.44 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	3798	5.21 %
R_work	0.2359	69119	-
obs	0.2369	72917	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.86 Å² / B_iso mean: 110.2177 Å² / B_iso min: 49.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→38.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24538	0	224	0	24762
B_iso mean	-	-	131.13	-	-
残基数	-	-	-	-	3052

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	14609	X-RAY DIFFRACTION	8.994	TORSIONAL
1	2	B	14609	X-RAY DIFFRACTION	8.994	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.14	0.3592	130	0.3967	2509	2639	99
3.14-3.18	0.3804	154	0.3852	2561	2715	100
3.18-3.22	0.4182	123	0.363	2520	2643	100
3.22-3.27	0.3842	153	0.3682	2569	2722	100
3.27-3.32	0.3599	141	0.3343	2526	2667	100
3.32-3.37	0.3522	138	0.3418	2565	2703	100
3.37-3.43	0.3474	129	0.3192	2579	2708	100
3.43-3.48	0.3536	158	0.3133	2530	2688	100
3.48-3.55	0.3212	132	0.313	2591	2723	100
3.55-3.62	0.326	138	0.2912	2560	2698	100
3.62-3.69	0.3286	147	0.2894	2528	2675	100
3.69-3.77	0.3158	127	0.2825	2586	2713	100
3.77-3.86	0.3037	141	0.2663	2569	2710	100
3.86-3.95	0.2861	141	0.2737	2551	2692	100
3.95-4.06	0.3003	132	0.252	2562	2694	100
4.06-4.18	0.2431	142	0.2367	2557	2699	100
4.18-4.32	0.2449	160	0.2362	2544	2704	100
4.32-4.47	0.2284	137	0.2262	2565	2702	100
4.47-4.65	0.2773	142	0.2209	2569	2711	100
4.65-4.86	0.2239	140	0.2131	2565	2705	100
4.86-5.11	0.2542	144	0.2034	2569	2713	100
5.11-5.43	0.2216	134	0.2075	2566	2700	100
5.43-5.85	0.2422	146	0.2189	2555	2701	100
5.85-6.44	0.2554	143	0.22	2575	2718	100
6.44-7.37	0.2605	154	0.2168	2564	2718	100
7.37-9.26	0.169	131	0.1752	2604	2735	100
9.26-38.44	0.176	141	0.1655	2580	2721	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5648	0.4251	0.0501	2.1686	-0.2279	2.1216	0.1812	-0.0838	0.257	0.0136	0.2147	-0.4799	-0.1228	0.4965	-0.3871	0.5733	0.0857	0.0038	0.7429	-0.221	0.7657	-15.1165	-3.4003	36.3913
2	1.7039	0.5351	0.2058	1.1204	-0.087	1.7029	0.2309	-0.0586	0.493	-0.1531	-0.1384	0.04	-1.0791	-0.2339	-0.1357	1.1787	0.3012	0.0449	0.6431	-0.1229	1.0401	-40.0368	23.9396	36.2177
3	0.7916	0.6168	0.2187	0.8605	1.2902	4.4549	-0.1554	0.3324	0.2584	-0.1663	-0.0069	0.3584	-0.7589	-0.5209	0.1852	1.256	0.203	0.026	1.0782	0.0608	1.0764	-31.876	16.6275	-7.1708
4	1.7854	-0.0023	-0.4455	1.1579	0.1723	1.1414	0.0894	-0.0344	0.4117	-0.0802	-0.0087	-0.1426	-0.4423	-0.2478	-0.0568	0.6736	0.1971	-0.0064	0.5845	-0.0923	0.6215	-38.1553	6.5197	34.2505
5	2.2295	0.0354	-0.2667	1.5902	-0.647	1.7439	-0.0458	-0.3514	0.1237	0.0659	0.0651	0.097	-0.3571	-0.5361	-0.0653	0.5731	0.2428	0.0114	0.9366	-0.176	0.554	-60.7813	-2.2198	41.8261
6	2.305	-0.1369	-0.1242	2.0138	0.6326	1.7761	-0.2677	-0.4832	-0.4954	0.4852	0.1181	0.4554	0.2577	-0.2575	0.1301	0.7613	0.1695	0.0831	0.6338	0.0916	0.7176	-33.1031	-30.3481	50.6272
7	3.3106	0.1932	-0.2463	3.8428	0.0723	1.7552	-0.2571	0.0197	-1.1768	-0.1618	0.29	-0.7074	0.6588	0.294	-0.0056	0.9947	0.3033	0.0346	0.676	-0.2823	1.2863	-1.4804	-46.2868	29.5185
8	1.7414	0.1268	-0.3451	2.5803	0.1252	2.1262	0.044	-0.2299	-0.0893	0.0416	0.0179	0.312	0.2133	-0.3165	-0.1122	0.5509	-0.0345	-0.0448	1.1281	0.0737	0.5793	25.5762	-11.4765	49.0062
9	1.6572	0.4521	-0.0965	1.3121	-0.4203	1.0839	0.1334	-0.2748	-0.3921	0.3233	-0.0176	-0.071	0.8039	0.0914	-0.1383	1.057	0.189	-0.0948	1.0517	0.0287	0.865	50.6816	-38.0754	42.9685
10	0.9537	-0.2926	0.8792	1.53	-1.4475	3.2388	0.0383	-0.0345	-0.1276	-0.1695	0.1402	-0.049	0.3154	-0.0236	-0.1406	0.9085	-0.0276	-0.0314	0.9788	-0.109	0.8004	32.5844	-30.9532	2.5281
11	1.5316	-0.2017	0.1425	1.4737	0.0986	0.2483	0.0254	-0.0821	-0.0491	0.0472	0.1002	-0.0303	0.346	0.1966	-0.0918	0.66	0.0531	-0.0691	1.0355	-0.0067	0.4889	47.8946	-20.6945	41.6678
12	2.8867	0.8704	0.0633	1.8898	0.9427	1.2128	-0.017	-0.4079	0.1361	0.1488	0.0053	-0.2654	0.2086	0.4015	0.0425	0.6184	0.1788	-0.1052	1.3526	-0.064	0.5151	71.3502	-11.3254	44.2867
13	1.8986	-0.6972	0.3916	2.2122	0.3802	2.5012	-0.2293	-0.3752	0.4325	0.2355	0.1863	-0.3401	-0.1092	0.2491	0.0194	0.4869	-0.0063	-0.0556	1.051	-0.1375	0.5422	45.3059	16.0004	59.2021
14	2.1	-0.6981	0.151	2.8946	0.2118	1.9892	-0.162	-0.3894	0.6523	-0.1293	0.0703	0.6254	-0.5755	-0.3983	0.1033	0.8236	0.206	-0.1279	1.0908	-0.1578	1.0279	12.6542	32.9162	52.3621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 131 )	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 237 )	A	132 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 498 )	A	238 - 498
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 499 through 749 )	A	499 - 749
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 750 through 869 )	A	750 - 869
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 870 through 1022 )	A	870 - 1022
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1203 through 1528 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 131 )	B	3 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 237 )	B	132 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 238 through 498 )	B	238 - 498
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 499 through 749 )	B	499 - 749
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 750 through 869 )	B	750 - 869
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 870 through 1022 )	B	870 - 1022
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1023 through 1528 )	B	0

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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