PDB-7eii: Ancestral L-Lys oxidase K387A variant (L-Lys binding form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eii

タイトル

Ancestral L-Lys oxidase K387A variant (L-Lys binding form)

要素

FAD dependent L-Lys oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-Lys oxidase

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / LYSINE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sugiura, S. / Nakano, S. / Niwa, M. / Hasebe, F. / Ito, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Catalytic mechanism of ancestral L-lysine oxidase assigned by sequence data mining.
著者: Sugiura, S. / Nakano, S. / Niwa, M. / Hasebe, F. / Matsui, D. / Ito, S.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eii.cif.gz	263.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eii.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eii_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eii_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7eii_validation.xml.gz	45.2 KB	表示
CIF形式データ	7eii_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eihSC 7eijC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7eih-d 7eij-d 2yje-d 2zci-1 1e7u-d 6c9z-d 4i0w-d 6ca3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD dependent L-Lys oxidase

B: FAD dependent L-Lys oxidase

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.829, 80.086, 87.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.425, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FAD dependent L-Lys oxidase 分子量: 68633.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25%(w/v) PEG3350, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.9 Å / Num. obs: 46762 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / R_merge(I) obs: 0.421 / Num. unique obs: 6740 / CC_1/2: 0.926

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EIH

7eih

解像度: 2.4→42.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 8.56 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.267 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	2378	5.087 %
R_work	0.1828	44371	-
all	0.185	-	-
obs	-	46749	99.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.645 Å²	0 Å²	1.747 Å²
2-	-	-1.198 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9495	0	116	369	9980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.646	13428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	1.581	20797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.721	5	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.124	23.957	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.839	15	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.265	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.778	3.628	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.778	3.627	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.301	5.432	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.301	5.433	5844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.953	3.908	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.953	3.909	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.709	5.748	7585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.709	5.747	7586
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.286	41.282	11526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.284	41.221	11467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.289	180	0.229	3189	X-RAY DIFFRACTION	98.0215
2.462-2.53	0.313	165	0.223	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.287	192	0.216	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.327	172	0.213	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.293	144	0.208	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.262	137	0.203	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.222	155	0.194	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.098	0.27	144	0.207	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.235	0.267	126	0.2	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.393	0.217	99	0.198	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.251	105	0.191	2316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.793	0.226	94	0.185	2200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.793-4.054	0.201	97	0.153	2052	X-RAY DIFFRACTION	100
4.054-4.378	0.192	127	0.138	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
4.378-4.795	0.188	108	0.141	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.795-5.359	0.198	72	0.155	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.359-6.184	0.229	79	0.178	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
6.184-7.564	0.295	70	0.176	1182	X-RAY DIFFRACTION	100
7.564-10.658	0.141	99	0.145	903	X-RAY DIFFRACTION	99.9003
10.658-42.95	0.158	13	0.229	536	X-RAY DIFFRACTION	96.3158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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