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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ei2 | ||||||
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タイトル | Structure of human NNMT in complex with macrocyclic peptide 8 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Nicotinamide N-methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / positive regulation of protein deacetylation / Methylation / Nicotinamide salvaging / : ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / positive regulation of protein deacetylation / Methylation / Nicotinamide salvaging / : / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Hayashi, K. / Mikamiyama, H. / Uehara, S. / Yamamoto, S. / Cary, D. / Nishikawa, J. / Ueda, T. / Ozasa, H. / Mihara, K. / Yoshimura, N. ...Hayashi, K. / Mikamiyama, H. / Uehara, S. / Yamamoto, S. / Cary, D. / Nishikawa, J. / Ueda, T. / Ozasa, H. / Mihara, K. / Yoshimura, N. / Kawai, T. / Ono, T. / Yamamoto, S. / Fumoto, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021 タイトル: Macrocyclic Peptides as a Novel Class of NNMT Inhibitors: A SAR Study Aimed at Inhibitory Activity in the Cell. 著者: Hayashi, K. / Uehara, S. / Yamamoto, S. / Cary, D.R. / Nishikawa, J. / Ueda, T. / Ozasa, H. / Mihara, K. / Yoshimura, N. / Kawai, T. / Ono, T. / Yamamoto, S. / Fumoto, M. / Mikamiyama, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ei2.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ei2.ent.gz | 45.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ei2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ei2_validation.pdf.gz | 440.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ei2_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ei2_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ei2_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7eguC 7ehzC 3rodS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28891.164 Da / 分子数: 1 / 変異: E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1175.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Sodium iodide, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年7月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.08→52 Å / Num. obs: 14497 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 17.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.464
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ROD 解像度: 2.08→51.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.809 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.2242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.06 Å2 / Biso mean: 46.734 Å2 / Biso min: 28.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.08→51.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.133 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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