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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ehu | |||||||||
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タイトル | Chitin oligosaccharide binding protein | |||||||||
要素 | Chitin oligosaccharide binding protein NagB2 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Chitin oligosaccharide binding protein | |||||||||
機能・相同性 | triacetyl-beta-chitotriose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus sp. FPU-7 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Itoh, T. / Hibi, T. / Kimoto, H. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2021 タイトル: Structural characterization of two solute-binding proteins for N,N' -diacetylchitobiose/ N,N',N'' -triacetylchitotoriose of the gram-positive bacterium, Paenibacillus sp. str. FPU-7. 著者: Itoh, T. / Yaguchi, M. / Nakaichi, A. / Yoda, M. / Hibi, T. / Kimoto, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ehu.cif.gz | 255.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ehu.ent.gz | 205.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ehu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ehu_validation.pdf.gz | 808.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ehu_full_validation.pdf.gz | 815.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ehu_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ehu_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/7ehu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/7ehu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47325.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. FPU-7 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG3350, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.85 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.85 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 114172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 41.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 5714 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 1.279 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EHO 解像度: 1.2→29.15 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 186.64 Å2 / Biso mean: 18.9952 Å2 / Biso min: 7.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→29.15 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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