[日本語] English
万見
- PDB-7egt: The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egt
タイトルThe crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB
要素
  • DNA helicase UvrD
  • UvrABC system protein B
キーワードTRANSCRIPTION / TCR / Thermus thermophilus / RNA polymerase / UvrD / UvrB / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal ...UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.581 Å
データ登録者Zheng, F. / Shen, L. / Li, L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31670067 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Crucial role and mechanism of transcription-coupled DNA repair in bacteria.
著者: Bharati, B.K. / Gowder, M. / Zheng, F. / Alzoubi, K. / Svetlov, V. / Kamarthapu, V. / Weaver, J.W. / Epshtein, V. / Vasilyev, N. / Shen, L. / Zhang, Y. / Nudler, E.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein B
B: DNA helicase UvrD
C: UvrABC system protein B
D: DNA helicase UvrD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1924
ポリマ－107,1924
非ポリマー00
水1,13563
1
A: UvrABC system protein B
D: DNA helicase UvrD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5962
ポリマ－53,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA helicase UvrD
C: UvrABC system protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5962
ポリマ－53,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.332, 114.606, 125.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein B / Protein UvrB / Excinuclease ABC subunit B


分子量: 47175.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: uvrB, TTHA1892 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56243
#2: タンパク質 DNA helicase UvrD


分子量: 6420.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: uvrD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O24736, DNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 41725 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.193 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.644.80.99218830.7040.4761.1060.92790.9
2.64-2.695.10.86719820.8210.4050.9610.96894.7
2.69-2.745.40.79320120.8010.3640.8770.96195.9
2.74-2.85.60.74920290.8320.340.8260.98597.2
2.8-2.865.80.68720200.8830.3090.7550.98898
2.86-2.9360.64320430.890.2850.7050.98898.2
2.93-36.10.57220850.9050.2530.6271.02398.6
3-3.085.90.4620800.9420.2070.5061.07699.7
3.08-3.175.90.39920710.9440.1810.4391.10899.6
3.17-3.286.60.32320920.9760.1380.3521.164100
3.28-3.396.70.2721060.980.1130.2931.191100
3.39-3.536.70.20720850.9880.0870.2251.28899.6
3.53-3.696.70.16621220.9910.070.181.345100
3.69-3.886.60.13221190.9920.0560.1431.433100
3.88-4.1360.10321180.9940.0450.1131.506100
4.13-4.456.60.08621190.9950.0370.0941.502100
4.45-4.896.80.07121410.9970.030.0781.484100
4.89-5.66.50.06421460.9960.0270.071.234100
5.6-7.056.10.05821790.9980.0250.0641.16399.9
7.05-5060.03922930.9990.0170.0421.14399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D2M

1d2m


解像度: 2.581→46.166 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 1992 4.8 %
Rwork0.2149 39525 -
obs0.2166 41517 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.88 Å2 / Biso mean: 62.5845 Å2 / Biso min: 36.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.581→46.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7234 0 0 63 7297
Biso mean---60.61 -
残基数----912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.581-2.64520.33891190.3347235282
2.6452-2.71670.33621360.3142271095
2.7167-2.79660.33671400.3115277297
2.7966-2.88690.34841400.2975281098
2.8869-2.99010.37261410.2855278398
2.9901-3.10970.34271420.2684283399
3.1097-3.25120.31471450.25762864100
3.2512-3.42260.25121440.2512873100
3.4226-3.6370.26451450.21252858100
3.637-3.91760.25621450.19932884100
3.9176-4.31160.21481470.18252904100
4.3116-4.93490.18641480.17472915100
4.9349-6.21510.27311490.20692948100
6.2151-460.17911510.1729301998

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る