[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7egt: The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7egt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of the C-terminal domain of T. thermophilus UvrD complexed with the N-terminal domain of UvrB | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / TCR / Thermus thermophilus / RNA polymerase / UvrD / UvrB / DNA repair | ||||||
Function / homology | ![]() excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, F. / Shen, L. / Li, L. / Zhang, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crucial role and mechanism of transcription-coupled DNA repair in bacteria. Authors: Bharati, B.K. / Gowder, M. / Zheng, F. / Alzoubi, K. / Svetlov, V. / Kamarthapu, V. / Weaver, J.W. / Epshtein, V. / Vasilyev, N. / Shen, L. / Zhang, Y. / Nudler, E. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 190.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 150.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 459.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 468 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7egsC ![]() 1d2mS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 47175.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: uvrB, TTHA1892 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 6420.366 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.27 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.1, 15 % w/v Polyethylene glycol 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: May 22, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.58→50 Å / Num. obs: 41725 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.193 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1D2M Resolution: 2.581→46.166 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.47 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.88 Å2 / Biso mean: 62.5845 Å2 / Biso min: 36.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.581→46.166 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|