PDB-7ef3: crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with H3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ef3

タイトル

crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide

要素

HB transcription factor
Histone H3.2

キーワード

GENE REGULATION / SHH2 / maize / H3K9me2 / histone

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, Y. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2.
著者: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J.

履歴

登録	2021年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7eezSC 7ef0C 7ef1C 7ef2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ef1-1 7ef2-1 3byi-1 6mx2-9 1h6h-d 7ef3-2 3tk0-d 3r9z-d 6mx2-13 7aut-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HB transcription factor

B: HB transcription factor

P: Histone H3.2

Q: Histone H3.2

ヘテロ分子

38.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HB transcription factor

P: Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HB transcription factor

Q: Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.906, 67.370, 80.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HB transcription factor / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 2 分子量: 17914.150 Da / 分子数: 2 / 変異: R235G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7ZYP9
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3.2 分子量: 1177.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P69246
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH7.5, 70% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月2日

放射

モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 21207 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 111652

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	4.9	0.76	2090	0.741	0.374	0.85	0.488	99.5
2.18-2.26	5.2	0.586	2060	0.846	0.281	0.652	0.529	99.9
2.26-2.37	5.3	0.489	2081	0.891	0.232	0.543	0.549	100
2.37-2.49	5.1	0.403	2109	0.909	0.197	0.45	0.607	99.9
2.49-2.65	5.4	0.294	2079	0.947	0.139	0.326	0.678	99.6
2.65-2.85	5.6	0.227	2113	0.97	0.106	0.251	0.781	100
2.85-3.14	5.4	0.146	2120	0.985	0.069	0.162	1.06	99.9
3.14-3.59	5.3	0.103	2129	0.989	0.049	0.114	1.566	99.8
3.59-4.52	5.4	0.076	2170	0.992	0.037	0.085	1.908	100
4.52-50	5	0.062	2256	0.994	0.03	0.069	1.71	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EEZ

7eez

解像度: 2.1→34.13 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	1083	5.14 %
R_work	0.2188	19982	-
obs	0.2213	21065	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.31 Å² / B_iso mean: 47.0014 Å² / B_iso min: 22.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→34.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	2	100	2596
B_iso mean	-	-	40.68	49.99	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.639	3432
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.844	960

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1956	0.3051	143	0.2716	2425	99
2.1956-2.3113	0.2637	142	0.2515	2454	100
2.3113-2.4561	0.2919	140	0.2492	2467	100
2.4561-2.6457	0.3677	124	0.2526	2462	100
2.6457-2.9118	0.285	137	0.2318	2500	100
2.9118-3.3328	0.2579	134	0.2115	2513	100
3.3328-4.1978	0.2251	149	0.1883	2507	100
4.1978-34.13	0.2756	114	0.2174	2654	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3715	4.6413	-2.2223	5.0173	-2.8052	6.6849	-0.0757	0.0269	-0.1103	0.2799	0.3654	0.0419	-0.3593	-1.1544	-0.2361	0.4079	-0.0038	-0.0203	0.3945	-0.0185	0.4153	-21.1948	10.5487	-14.3705
2	4.7625	0.3997	1.3089	2.5546	1.988	5.1561	-0.2631	-0.2663	0.8305	-0.445	-0.0862	0.1078	-0.2977	0.0723	0.0616	0.3886	0.0113	-0.0447	0.2861	0.0495	0.4506	-15.1257	20.251	-17.541
3	7.1786	-0.5413	-0.1108	5.0639	1.4809	6.873	-0.9098	1.1745	0.5149	-0.0113	0.9108	-0.6885	-0.0349	0.7614	-0.1424	0.6109	-0.1099	0.0095	0.5844	-0.0747	0.3567	-12.3759	11.2256	-31.9088
4	9.0522	-2.1085	-0.2018	8.4457	1.1416	4.2268	0.6258	0.0906	1.5028	-0.9285	-0.2901	-0.3985	-1.2422	0.1292	0.0145	0.6305	-0.024	0.0374	0.364	0.0322	0.4023	-19.7793	22.6917	-23.3817
5	5.2987	-0.7269	1.0016	5.1237	-1.4918	9.6629	-0.2747	0.1509	-0.2814	-0.1713	0.0689	-0.0944	0.118	-0.312	0.1553	0.1897	-0.0546	-0.0364	0.1935	-0.0142	0.31	-15.2019	13.1367	-15.7537
6	4.6134	-1.5726	0.1748	4.3685	-1.05	4.2324	-0.2472	-0.3621	0.0491	0.3127	0.1102	-0.1658	-0.5063	0.1044	-0.1256	0.3	0.0318	-0.0429	0.2666	-0.0933	0.3321	-10.5096	18.253	-1.4832
7	4.7824	-1.4904	0.2026	4.2662	0.3209	3.4347	-1.4823	-1.4567	1.0869	2.1317	0.7194	0.6525	0.2974	-0.7775	-0.1184	0.8244	0.2051	0.1257	0.6928	-0.0874	0.5228	-17.593	17.583	13.4893
8	5.3538	3.4596	-0.3725	7.3664	-4.845	4.0863	-0.1012	0.0663	0.3722	0.1946	0.1065	-0.4472	0.0329	0.0209	-0.1094	0.328	0.0345	-0.0009	0.263	-0.0339	0.4199	-4.0355	19.9902	-1.7447
9	1.2364	-0.7664	1.6058	4.2136	0.9503	5.0318	-0.1876	0.0369	0.3472	0.1761	0.38	-0.2405	-0.4048	0.541	0.1559	0.2646	0.0091	0.0664	0.4249	-0.0588	0.3565	-12.3754	18.7303	0.376
10	6.2473	0.599	-1.3044	5.7563	-1.4303	8.4328	-0.5	-0.553	-0.6261	0.6513	-0.1243	0.6681	0.8296	-0.4481	0.2304	0.4692	-0.0384	0.0967	0.4303	0.0493	0.5744	-19.8219	0.425	2.8686
11	6.6042	4.0729	1.9804	5.2611	0.7409	6.3349	0.0739	0.9938	-1.344	0.1808	0.308	0.0814	0.6726	-0.491	-0.2629	0.5401	-0.0393	0.0921	0.5093	-0.0136	0.5061	-8.8594	-8.6125	4.9873
12	5.53	2.3559	-2.4223	3.6928	-1.9346	7.6063	0.1794	-0.5351	0.2285	0.3163	-0.4102	-0.0991	-0.6057	1.289	-0.4246	0.4775	-0.0538	-0.0585	0.5032	0.0838	0.4097	-0.6833	-4.4381	15.0012
13	3.6742	-0.1171	0.8604	5.7413	0.5973	7.6418	0.1474	-0.2998	-0.0833	-0.3185	-0.2485	-1.3914	0.3063	2.0552	0.1127	0.5601	0.0468	0.0337	0.7005	0.1159	0.6564	2.888	-12.5459	14.0062
14	2.7756	-0.3474	-0.1193	2.94	-2.6983	6.6494	-0.1301	0.1239	-0.3136	0.0071	-0.0356	-0.2126	0.2471	0.2786	0.0161	0.2592	-0.007	0.041	0.3163	0.0006	0.3692	-2.8942	-2.7439	-0.9336
15	7.7286	1.2114	1.7585	1.3884	-2.0078	4.7392	1.5346	-0.045	-0.5729	-0.2457	-0.112	-1.8456	0.9698	1.6867	-0.2283	0.4845	0.1329	0.1906	1.1645	0.0712	1.4046	15.5623	-7.2123	-2.9458
16	4.1059	-0.6971	0.6256	4.5023	1.014	7.2249	-0.0114	0.5557	-0.0612	-0.8083	-0.0367	-0.0318	-0.5676	0.4921	0.2308	0.4485	-0.0291	0.0074	0.3061	-0.0879	0.4136	3.3482	1.9522	-6.9929
17	1.8818	-2.2772	-0.4278	8.8869	2.7326	6.933	-0.0119	0.0194	0.0339	-0.6968	-0.1481	0.5749	0.1629	-0.1958	0.3101	0.5413	-0.0352	0.0166	0.5654	-0.102	0.4855	-0.4677	-5.8191	-22.9895
18	6.2082	1.1477	3.8355	3.7054	-0.6575	3.2573	0.2029	0.3125	-0.3004	0.1151	0.2597	-0.1404	0.2111	0.6204	-0.3104	0.396	-0.028	0.0551	0.341	-0.0763	0.3775	6.8131	4.4686	-6.7173
19	7.1431	1.0092	-2.4321	4.3289	-0.1349	7.0188	-0.1233	0.1794	-0.3666	-0.4923	0.1467	-0.7164	0.3174	0.3401	0.2967	0.4138	0.0057	0.1174	0.4552	-0.0999	0.4365	2.5238	-2.7295	-9.6332
20	6.2884	-1.6645	2.0939	5.9394	0.4944	8.6743	0.0984	0.8689	-1.3309	-0.9973	-0.2894	1.3108	0.675	-1.5502	-0.1763	0.5015	-0.0373	-0.0382	0.6466	-0.1217	0.7667	-16.8049	-2.9102	-11.6644
21	4.3622	-1.9325	-0.7288	7.6965	-1.6934	2.9369	0.1924	-1.0607	0.1527	0.1539	0.2443	0.3179	-0.6022	-0.1367	-0.8355	0.4755	-0.1021	0.0153	0.4503	-0.0384	0.5804	-20.7303	22.8514	-6.616
22	7.0629	4.2415	-4.4697	5.8398	-2.8105	2.8089	1.1412	-0.8357	-1.6636	-0.2234	-0.8199	-0.9389	-0.6674	0.8079	1.2935	1.4207	0.3479	0.0056	1.0151	0.0545	0.8394	10.0901	-11.9848	0.7818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 131 through 139 )	A	131 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 152 )	A	140 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 163 )	A	153 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 177 )	A	164 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 194 )	A	178 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 228 )	A	195 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 239 )	A	229 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 240 through 250 )	A	240 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 251 through 262 )	A	251 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 263 through 278 )	A	263 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 131 through 139 )	B	131 - 139
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 140 through 163 )	B	140 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 164 through 177 )	B	164 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 178 through 211 )	B	178 - 211
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 212 through 217 )	B	212 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 218 through 228 )	B	218 - 228
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 229 through 239 )	B	229 - 239
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 240 through 250 )	B	240 - 250
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 251 through 262 )	B	251 - 262
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 263 through 277 )	B	263 - 277
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'P' and (resid 2 through 8 )	P	2 - 8
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'Q' and (resid 5 through 9 )	Q	5 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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