PDB-7ee5: Crystal structure of Neu5Gc bound PltC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ee5

タイトル

Crystal structure of Neu5Gc bound PltC

要素

Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

キーワード

TOXIN / typhoid toxin

機能・相同性

Enterotoxin / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Liu, X.Y. / Chen, Z. / Gao, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Molecular Insights into the Assembly and Functional Diversification of Typhoid Toxin.
著者: Liu, X. / Chen, Z. / Jiao, X. / Jiang, X. / Qiu, J. / You, F. / Long, H. / Cao, H. / Fowler, C.C. / Gao, X.

履歴

登録	2021年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ee5.cif.gz	272.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ee5.ent.gz	209.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ee5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7ee5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7ee5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ee3C 7ee4C 7ee6C 5whtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ee4-d 7ee3-d 6p4n-d 6ppq-d 6p4m-d 6tyn-d 4rhs-d 5whu-1 6ppn-1 6ppv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

B: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

C: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

D: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

E: Subtilase cytotoxin subunit B-like protein

ヘテロ分子

71.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.094, 189.094, 41.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

#1: タンパク質

Subtilase cytotoxin subunit B-like protein / PltB homolog protein

分子量: 13858.360 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A716TY65

#2: 多糖

N-glycolyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 649.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Gca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCCO/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Gc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NGC / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / N-glycolylneuraminic acid / sialic acid / 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / N-グリコリル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 325.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Gca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-glycolyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Gc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Gc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 34% PEG500MME and 0.1M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→27.76 Å / Num. obs: 155226 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.34 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.24→1.285 Å / 冗長度: 7.9 % / Num. unique obs: 15252 / CC_1/2: 0.93 / R_rim(I) all: 0.521

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WHT

5wht

解像度: 1.24→27.76 Å / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 15.8138
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1604	7789	5.02 %
R_work	0.1382	147420	-
obs	0.1393	155209	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→27.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4688	0	158	575	5421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0161	5042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.945	6841
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1242	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0123	858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5941	1747

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.25	0.2226	237	0.1926	4728	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.25-1.27	0.2366	273	0.1822	4819	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.27-1.28	0.2004	276	0.1707	4916	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.28-1.3	0.2102	237	0.1612	4953	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.3-1.32	0.1874	252	0.1571	4873	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.32-1.34	0.1896	287	0.1482	4934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.1677	250	0.1509	4939	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.36-1.38	0.1904	244	0.1429	4990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.171	232	0.1391	4869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.1489	289	0.1339	4947	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.42-1.44	0.1727	244	0.1293	4903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.47	0.1692	284	0.1343	4934	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.47-1.5	0.1529	260	0.1206	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.5-1.53	0.1628	287	0.1217	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.53-1.56	0.1603	267	0.1218	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.1582	260	0.1242	4922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1633	268	0.1207	4937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.1616	289	0.1258	4862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.153	231	0.1295	4958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1535	286	0.1327	4934	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.79-1.85	0.1635	218	0.1324	4933	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.93	0.1585	269	0.1316	4919	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.93-2.01	0.1568	257	0.129	4917	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.01-2.12	0.1471	262	0.1257	4924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.25	0.1555	276	0.134	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.43	0.1627	250	0.1411	4962	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.43-2.67	0.1931	262	0.1534	4884	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.67-3.06	0.1772	256	0.1556	4936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.85	0.1409	260	0.1413	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-27.76	0.1316	226	0.1324	4962	X-RAY DIFFRACTION	99.77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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