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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ee5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Neu5Gc bound PltC | ||||||
要素 | Subtilase cytotoxin subunit B-like proteinAB5毒素 | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / typhoid toxin | ||||||
機能・相同性 | エンテロトキシン / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / Subtilase cytotoxin subunit B-like protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X.Y. / Chen, Z. / Gao, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Molecular Insights into the Assembly and Functional Diversification of Typhoid Toxin. 著者: Liu, X. / Chen, Z. / Jiao, X. / Jiang, X. / Qiu, J. / You, F. / Long, H. / Cao, H. / Fowler, C.C. / Gao, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ee5.cif.gz | 273.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ee5.ent.gz | 209.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ee5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7ee5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7ee5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13858.360 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A716TY65 #2: 多糖 | #3: 糖 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 34% PEG500MME and 0.1M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→27.76 Å / Num. obs: 155226 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 12.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.285 Å / 冗長度: 7.9 % / Num. unique obs: 15252 / CC1/2: 0.93 / Rrim(I) all: 0.521 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WHT 解像度: 1.24→27.76 Å / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 15.8138 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→27.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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