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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ed1 | ||||||||||||
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タイトル | Transferase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||||||||
![]() | 4'-phosphopantetheinyl transferase | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / phosphopantetheine transferase | ||||||||||||
機能・相同性 | COENZYME A / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kim, D.-G. / Lee, B.-J. / Lee, S.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Transferase from Mycobacterium tuberculosis 著者: Kim, D.-G. / Lee, B.-J. / Lee, S.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25048.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ERS451418_02655 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M MES, pH 6.5, 0.2 M calcium chloride, 33%(v/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 64434 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 3113 / CC1/2: 0.906 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.62 Å2 / Biso mean: 17.789 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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