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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ebw | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Aedes aegypti Noppera-bo, glutathione S-transferase epsilon 8, in desmethylglycitein and glutathione-bound form | ||||||||||||
要素 | Glutathione transferaseグルタチオン-S-トランスフェラーゼ | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glutathione (グルタチオン) / Glutathione S-transferase (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ) / GST | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Aedes aegypti (ネッタイシマカ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Inaba, K. / Koiwai, K. / Senda, M. / Senda, T. / Niwa, R. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2022 タイトル: Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti. 著者: Inaba, K. / Ebihara, K. / Senda, M. / Yoshino, R. / Sakuma, C. / Koiwai, K. / Takaya, D. / Watanabe, C. / Watanabe, A. / Kawashima, Y. / Fukuzawa, K. / Imamura, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / ...著者: Inaba, K. / Ebihara, K. / Senda, M. / Yoshino, R. / Sakuma, C. / Koiwai, K. / Takaya, D. / Watanabe, C. / Watanabe, A. / Kawashima, Y. / Fukuzawa, K. / Imamura, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / Uemura, N. / Kasai, S. / Kanuka, H. / Nishimura, T. / Watanabe, K. / Inoue, H. / Fujikawa, Y. / Honma, T. / Hirokawa, T. / Senda, T. / Niwa, R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ebw.cif.gz | 224.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ebw.ent.gz | 160.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ebw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26069.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 遺伝子: 5569853 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1S4FIB3 #2: 化合物 | ChemComp-GSH / #3: 化合物 | ChemComp-674 / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 32.5% PEG 4000, 0.5M CaCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→47.85 Å / Num. obs: 61340 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 26.9 % / Biso Wilson estimate: 28.33 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Num. unique obs: 4018 / Rpim(I) all: 0.372 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KEM 解像度: 1.94→47.85 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9301 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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