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- PDB-7ebu: Crystal structure of Aedes aegypti Noppera-bo, glutathione S-tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ebu
タイトルCrystal structure of Aedes aegypti Noppera-bo, glutathione S-transferase epsilon 8, in Daidzein- and glutathione-bound form
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione / Glutathione S-transferase / GST
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / 7-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Inaba, K. / Koiwai, K. / Senda, M. / Senda, T. / Niwa, R.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18K19163 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)25712010 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)20am0101001 日本
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2022
タイトル: Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti.
著者: Inaba, K. / Ebihara, K. / Senda, M. / Yoshino, R. / Sakuma, C. / Koiwai, K. / Takaya, D. / Watanabe, C. / Watanabe, A. / Kawashima, Y. / Fukuzawa, K. / Imamura, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / ...著者: Inaba, K. / Ebihara, K. / Senda, M. / Yoshino, R. / Sakuma, C. / Koiwai, K. / Takaya, D. / Watanabe, C. / Watanabe, A. / Kawashima, Y. / Fukuzawa, K. / Imamura, R. / Kojima, H. / Okabe, T. / Uemura, N. / Kasai, S. / Kanuka, H. / Nishimura, T. / Watanabe, K. / Inoue, H. / Fujikawa, Y. / Honma, T. / Hirokawa, T. / Senda, T. / Niwa, R.
履歴
登録2021年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase
B: Glutathione transferase
C: Glutathione transferase
D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,84520
ポリマ－104,2784
非ポリマー2,56716
水13,709761
1
A: Glutathione transferase
ヘテロ分子

A: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,50312
ポリマ－52,1392
非ポリマー1,36410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454y-1/2,x+1/2,-z-1/21
Buried area2600 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
2
B: Glutathione transferase
ヘテロ分子

B: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3428
ポリマ－52,1392
非ポリマー1,2036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
3
C: Glutathione transferase
ヘテロ分子

D: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,42310
ポリマ－52,1392
非ポリマー1,2838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-y+1/2,x,z-1/41
Buried area2550 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.213, 152.213, 146.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Glutathione transferase


分子量: 26069.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: 5569853
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1S4FIB3
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZF1 / 7-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / ダイゼイン


分子量: 254.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32.5%(w/v) PEG 4000, 0.5 M CaCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.13 Å / Num. obs: 62167 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 26.11 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 4293 / Rpim(I) all: 0.235

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KEM

6kem


解像度: 1.95→48.13 Å / SU ML: 0.2495 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 3151 5.1 %
Rwork0.1901 58634 -
obs0.193 61785 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6694 0 164 761 7619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00767071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97979646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05561121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00931230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.87522519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.28811300.21822515X-RAY DIFFRACTION98.4
1.98-2.010.26291250.21172511X-RAY DIFFRACTION98.54
2.01-2.040.30541070.21232544X-RAY DIFFRACTION98.62
2.04-2.080.4069880.32692491X-RAY DIFFRACTION95.34
2.08-2.120.29171220.22322519X-RAY DIFFRACTION98.4
2.12-2.160.29011290.22172512X-RAY DIFFRACTION98.66
2.16-2.20.32551320.2252550X-RAY DIFFRACTION99.04
2.2-2.250.36041160.26332537X-RAY DIFFRACTION97.75
2.25-2.30.36611220.22942467X-RAY DIFFRACTION96.71
2.3-2.360.25721370.19552533X-RAY DIFFRACTION99.18
2.36-2.420.28641400.19612542X-RAY DIFFRACTION99.04
2.42-2.490.29791640.20212520X-RAY DIFFRACTION98.93
2.49-2.570.27131480.20152518X-RAY DIFFRACTION98.78
2.57-2.670.27411460.2092530X-RAY DIFFRACTION98.38
2.67-2.770.241390.20852550X-RAY DIFFRACTION98.82
2.77-2.90.27191630.19792527X-RAY DIFFRACTION99.23
2.9-3.050.23811540.19612550X-RAY DIFFRACTION99.48
3.05-3.240.22981590.18452550X-RAY DIFFRACTION99.09
3.24-3.490.2291650.17892537X-RAY DIFFRACTION98.69
3.49-3.840.19771500.15822582X-RAY DIFFRACTION99.02
3.84-4.40.19571430.14762603X-RAY DIFFRACTION99.28
4.4-5.540.17631170.15952673X-RAY DIFFRACTION99.82
5.54-48.130.23581550.18242773X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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