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- PDB-7ebm: W363A mutant of Chitin-specific solute binding protein from Vibri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ebm
タイトルW363A mutant of Chitin-specific solute binding protein from Vibrio harveyi in complex with chitobiose.
要素Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / chitin / periplasmic solute-binding protein / Vibrios
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kitaoku, Y. / Ubonbal, P. / Tran, L.T. / Robinson, R.C. / Suginta, W.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
Other privateVidyasirimedhi Institute of Science and Technology, 300/111100/1711111000030 タイ
Other governmentThailand Research Fund, BRG610008 タイ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A structural model for (GlcNAc) 2 translocation via a periplasmic chitooligosaccharide-binding protein from marine Vibrio bacteria.
著者: Kitaoku, Y. / Fukamizo, T. / Kumsaoad, S. / Ubonbal, P. / Robinson, R.C. / Suginta, W.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年9月8日ID: 6LZS
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7997
ポリマ－61,1731
非ポリマー6266
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.574, 55.986, 80.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein / Chitin specific solute-binding protein


分子量: 61172.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio harveyi (strain 1DA3) (バクテリア)
株: 1DA3 / 遺伝子: VME_26970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0XC84
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 266分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 1.63mM chitobiose, 0.06M Divalents (MgCl2, CaCl2), 0.1M Buffer System 2 (Sodium HEPES, MOPS (acid)), pH 7.5, 50% v/v Precipitant Mix 4 (MPD, PEG 1000, PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40844 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 401.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 2018 / CC1/2: 0.572 / Rpim(I) all: 0.796 / Rrim(I) all: 2.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5yqw

5yqw


解像度: 1.9→23.732 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1914 4.94 %
Rwork0.1833 --
obs0.1865 38780 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4235 0 37 261 4533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0736008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1911581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93410.318830.27141501X-RAY DIFFRACTION54
1.9341-1.98640.3371040.26162145X-RAY DIFFRACTION78
1.9864-2.04480.30451460.24152513X-RAY DIFFRACTION91
2.0448-2.11080.34091330.22662706X-RAY DIFFRACTION97
2.1108-2.18620.29651500.21632765X-RAY DIFFRACTION99
2.1862-2.27360.28481520.21432750X-RAY DIFFRACTION100
2.2736-2.3770.29221240.20992802X-RAY DIFFRACTION100
2.377-2.50220.28881280.20012821X-RAY DIFFRACTION100
2.5022-2.65880.24571430.1992801X-RAY DIFFRACTION100
2.6588-2.86380.32351380.18752781X-RAY DIFFRACTION100
2.8638-3.15140.24491460.18422794X-RAY DIFFRACTION100
3.1514-3.6060.21921550.16542801X-RAY DIFFRACTION100
3.606-4.5380.19541450.14062834X-RAY DIFFRACTION100
4.538-23.730.19171670.14952852X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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