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- PDB-7ea4: Crystal Structure of L182E D-Succinylase (DSA) from Cupriavidus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ea4
タイトルCrystal Structure of L182E D-Succinylase (DSA) from Cupriavidus sp. P4-10-C
要素D-succinylase
キーワードHYDROLASE / D-Succinylase / Cupriavidus sp.
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLIC ACID / CARBONATE ION / SUCCINIC ACID / D-succinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus sp. P4-10-C (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yamasaki, M. / Sumida, Y.
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2021
タイトル: Protein Engineering of d-Succinylase from Cupriavidus sp. for d-Amino Acid Synthesis and the Structural Implications.
著者: Sumida, Y. / Yamasaki, M. / Nishiya, Y. / Kumagai, S. / Yamada, T. / Azuma, M.
履歴
登録2021年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-succinylase
B: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,93616
ポリマ－181,6752
非ポリマー1,26214
水15,619867
1
A: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,66910
ポリマ－90,8371
非ポリマー8329
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
2
B: D-succinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2676
ポリマ－90,8371
非ポリマー4305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.057, 129.806, 200.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 36 through 131 or resid 133...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 36 through 131 or resid 133...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRLYSA1 - 96
d_12ens_1VALSERA98 - 132
d_13ens_1TRPALAA134 - 136
d_14ens_1ASPCYSA138 - 162
d_15ens_1ALAALAA164 - 169
d_16ens_1ALAPROA171 - 187
d_17ens_1GLYTRPA189 - 218
d_18ens_1SERLEUA220 - 261
d_19ens_1VALTRPA263 - 411
d_110ens_1PROTRPA413 - 480
d_111ens_1ASPALAA482 - 486
d_112ens_1ARGGLNA488 - 542
d_113ens_1ALAPHEA544 - 569
d_114ens_1ASNVALA571 - 578
d_115ens_1ALAGLUA580 - 584
d_116ens_1ALAGLUA586 - 630
d_117ens_1ARGTYRA632 - 727
d_118ens_1ASPARGA729 - 762
d_21ens_1THRLYSF1 - 96
d_22ens_1VALSERF98 - 132
d_23ens_1TRPALAF134 - 136
d_24ens_1ASPCYSF138 - 162
d_25ens_1ALAALAF164 - 169
d_26ens_1ALAPROF171 - 187
d_27ens_1GLYLEUF189 - 260
d_28ens_1VALTRPF262 - 410
d_29ens_1PROTRPF412 - 479
d_210ens_1ASPALAF481 - 485
d_211ens_1ARGGLNF487 - 541
d_212ens_1ALAPHEF543 - 568
d_213ens_1ASNVALF570 - 577
d_214ens_1ALAGLUF579 - 583
d_215ens_1ALAGLUF585 - 629
d_216ens_1ARGTYRF631 - 726
d_217ens_1ASPARGF728 - 761

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.756288281674, 0.604174745012, -0.250999825682), (0.610213433808, 0.513060179565, -0.603662834159), (-0.235939823266, -0.609706593071, -0.756696947373)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.756288281674, 0.604174745012, -0.250999825682), (0.610213433808, 0.513060179565, -0.603662834159), (-0.235939823266, -0.609706593071, -0.756696947373)
ベクター: -50.6704892938, 89.4440441558, 172.491338319)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-succinylase


分子量: 90837.398 Da / 分子数: 2 / 変異: L182E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus sp. P4-10-C (バクテリア)
遺伝子: DSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7KZ58

-
非ポリマー , 7種, 881分子

#2: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 11% PEG 8000, 0.1M Sodium cacodylate, 0.2M MaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 118124 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.5 % / Num. unique obs: 5812 / CC1/2: 0.821 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.284 / Rrim(I) all: 0.619 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HST

4hst


解像度: 1.95→42.93 Å / SU ML: 0.1955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.0063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 5909 5.01 %
Rwork0.1644 112118 -
obs0.1666 118027 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11879 0 70 867 12816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007112416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88116949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05631770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00952257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.53584513
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.536200625608 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.28241850.21883499X-RAY DIFFRACTION94.32
1.97-20.24752050.20953740X-RAY DIFFRACTION99.95
2-2.020.2741960.20143647X-RAY DIFFRACTION99.95
2.02-2.050.28381650.20253738X-RAY DIFFRACTION99.95
2.05-2.070.24972140.19823726X-RAY DIFFRACTION99.82
2.07-2.10.25261780.19163717X-RAY DIFFRACTION99.92
2.1-2.130.25882070.18473701X-RAY DIFFRACTION99.87
2.13-2.160.22661980.17943716X-RAY DIFFRACTION99.97
2.16-2.20.24251970.17553691X-RAY DIFFRACTION99.95
2.2-2.230.22042190.17493716X-RAY DIFFRACTION99.9
2.23-2.270.23141880.17723704X-RAY DIFFRACTION99.85
2.27-2.310.22172010.17053737X-RAY DIFFRACTION99.87
2.31-2.360.22881890.17443734X-RAY DIFFRACTION99.95
2.36-2.410.21312210.16963704X-RAY DIFFRACTION99.85
2.41-2.460.24472070.17183706X-RAY DIFFRACTION99.92
2.46-2.520.23091900.1733736X-RAY DIFFRACTION99.7
2.52-2.580.24482130.17733716X-RAY DIFFRACTION99.82
2.58-2.650.22931950.17893729X-RAY DIFFRACTION99.87
2.65-2.730.22922080.17323743X-RAY DIFFRACTION99.75
2.73-2.810.20612110.17443729X-RAY DIFFRACTION99.62
2.81-2.910.21671900.17513727X-RAY DIFFRACTION99.69
2.91-3.030.22221840.17483770X-RAY DIFFRACTION99.62
3.03-3.170.23391660.17743763X-RAY DIFFRACTION99.37
3.17-3.340.2052240.16823745X-RAY DIFFRACTION99.32
3.34-3.550.18851870.1513746X-RAY DIFFRACTION99.14
3.55-3.820.17172000.13743767X-RAY DIFFRACTION99.2
3.82-4.20.15531750.1413802X-RAY DIFFRACTION98.68
4.2-4.810.1561850.12443816X-RAY DIFFRACTION98.96
4.81-6.060.17372130.14773839X-RAY DIFFRACTION99.48
6.06-42.930.16481980.14614014X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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