PDB-7e9w: The Crystal Structure of D-psicose-3-epimerase from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e9w

タイトル

The Crystal Structure of D-psicose-3-epimerase from Biortus.

要素

D-psicose 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / ion binding / cation binding / metal ion binding

機能・相同性

機能・相同性情報

D-psicose 3-epimerase / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / cobalt ion binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruminiclostridium cellulolyticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, F. / Xu, C. / Qi, J. / Zhang, M. / Tian, F. / Wang, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of D-psicose-3-epimerase from Biortus.
著者: Wang, F. / Xu, C. / Qi, J. / Zhang, M. / Tian, F. / Wang, M.

履歴

登録	2021年3月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e9w.cif.gz	259.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e9w.ent.gz	199 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e9w_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e9w_full_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示
XML形式データ	7e9w_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	7e9w_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vniS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vni-d 3vnj-d 3vnl-d 2hk1-d 2dvx-d 3s4t-4 2dvu-d 3vnk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-psicose 3-epimerase

B: D-psicose 3-epimerase

C: D-psicose 3-epimerase

D: D-psicose 3-epimerase

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.134, 116.083, 91.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.083, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-psicose 3-epimerase / DPEase 分子量: 35942.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminiclostridium cellulolyticum (strain ATCC 35319 / DSM 5812 / JCM 6584 / H10) (バクテリア) 株: ATCC 35319 / DSM 5812 / JCM 6584 / H10 / 遺伝子: Ccel_0941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8I944, D-psicose 3-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.5, 22% Polyacrylic acid sodium salt 5,100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.5215 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5215 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.607 Å / Num. obs: 91449 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 4468 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vni

3vni

解像度: 2.1→48.607 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 4.045 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.9328 / Average fsc work: 0.9416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	4559	4.986 %
R_work	0.1737	86880	-
all	0.175	-	-
obs	-	91439	97.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.358 Å²	0 Å²	1.476 Å²
2-	-	-0.369 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.685 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9212	0	76	574	9862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	9520
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.634	12848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.193	1.58	20049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.544	5	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.172	22.896	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.96	15	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.004	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	8452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.441	3.521	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.44	3.52	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.327	5.273	5794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.326	5.274	5795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.873	3.81	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.872	3.811	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.912	5.609	7052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.912	5.609	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.53	41.528	11058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.434	41.338	10925

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.269	323	0.235	6291	X-RAY DIFFRACTION	95.9524
2.155-2.214	0.267	331	0.225	6092	X-RAY DIFFRACTION	96.3257
2.214-2.278	0.239	298	0.212	6071	X-RAY DIFFRACTION	97.0145
2.278-2.348	0.263	306	0.209	5831	X-RAY DIFFRACTION	97.5056
2.348-2.425	0.234	333	0.203	5698	X-RAY DIFFRACTION	97.5101
2.425-2.51	0.228	276	0.197	5513	X-RAY DIFFRACTION	97.8367
2.51-2.604	0.232	258	0.19	5353	X-RAY DIFFRACTION	98.0944
2.604-2.711	0.213	256	0.188	5171	X-RAY DIFFRACTION	98.0665
2.711-2.831	0.204	237	0.184	4987	X-RAY DIFFRACTION	98.3804
2.831-2.969	0.216	241	0.184	4735	X-RAY DIFFRACTION	98.5737
2.969-3.129	0.234	273	0.193	4456	X-RAY DIFFRACTION	98.3978
3.129-3.319	0.224	228	0.187	4305	X-RAY DIFFRACTION	98.6722
3.319-3.548	0.219	243	0.179	3973	X-RAY DIFFRACTION	98.7585
3.548-3.832	0.188	178	0.161	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.1285
3.832-4.197	0.173	186	0.145	3453	X-RAY DIFFRACTION	98.9396
4.197-4.691	0.157	151	0.126	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.1607
4.691-5.414	0.16	156	0.138	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.2217
5.414-6.624	0.21	133	0.173	2357	X-RAY DIFFRACTION	99.3615
6.624-9.342	0.145	91	0.129	1847	X-RAY DIFFRACTION	99.4867
9.342-48.607	0.152	61	0.145	1011	X-RAY DIFFRACTION	97.1895

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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