+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e9j | |||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of POMGNT2 in complex with UDP | |||||||||||||||
Components | Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 | |||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / O-mannose type glycosylation | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information O-linked glycosylation / protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase / protein O-linked mannosylation / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / neuron migration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.4 Å | |||||||||||||||
Authors | Kuwabara, N. | |||||||||||||||
Funding support | Japan, 4items
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Citation | Journal: Genes Cells / Year: 2021 Title: The structure of POMGNT2 provides new insights into the mechanism to determine the functional O-mannosylation site on alpha-dystroglycan. Authors: Imae, R. / Kuwabara, N. / Manya, H. / Tanaka, T. / Tsuyuguchi, M. / Mizuno, M. / Endo, T. / Kato, R. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e9j.cif.gz | 514.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7e9j.ent.gz | 364.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e9j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7e9j_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7e9j_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 7e9j_validation.xml.gz | 39.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7e9j_validation.cif.gz | 55.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9j | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61563.902 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: POMGNT2, AGO61, GTDC2 / Production host: Homo sapiens (human) References: UniProt: Q5NDF2, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase #2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0 or 8.5), 12-16 % PEG 8000, 1 % tacsimate (pH 7.0) PH range: 8.0-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1.0718 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0718 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.3 Å / Num. obs: 56436 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 1.858 / Num. unique obs: 5292 / CC1/2: 0.442 / Rpim(I) all: 0.518 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.4→49.3 Å / SU ML: 0.321 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.0105 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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