PDB-7e9d: H102A mutant of IRG1 from bacillus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e9d

タイトル

H102A mutant of IRG1 from bacillus

要素

IRG1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Decarboxylase

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Park, H.H. / Park, H.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: H102A mutant of IRG1 from bacillus
著者: Park, H.H. / Park, H.H.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e9d.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e9d.ent.gz	151.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e9d_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e9d_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	7e9d_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	7e9d_validation.cif.gz	58 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7braS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bra-d 6qii-d 3l2d-3 1fpm-2 3p1v-d 2387 1eg7-2 4h0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IRG1

B: IRG1

97.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.911, 110.779, 168.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	IRG1 分子量: 48831.156 Da / 分子数: 2 / 変異: H102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M CAPS pH 10.2, 0.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 85234 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.38 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.89→1.93 Å / Num. unique obs: 85146 / CC_1/2: 0.798

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BRA

7bra

解像度: 1.89→40.35 Å / SU ML: 0.1903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8225 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	4217	4.95 %
R_work	0.1721	80929	-
obs	0.1735	85146	95.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6688	0	0	763	7451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7745	9252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1222
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.8068	4074

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.91	0.2657	128	0.2425	2513	X-RAY DIFFRACTION	90.04
1.91-1.93	0.3065	145	0.2372	2509	X-RAY DIFFRACTION	91.49
1.93-1.96	0.2947	127	0.2224	2538	X-RAY DIFFRACTION	89.58
1.96-1.98	0.278	137	0.2032	2539	X-RAY DIFFRACTION	91.24
1.98-2.01	0.2384	107	0.1977	2529	X-RAY DIFFRACTION	91.15
2.01-2.04	0.2086	138	0.1903	2548	X-RAY DIFFRACTION	90.38
2.04-2.07	0.2444	133	0.1786	2576	X-RAY DIFFRACTION	93.16
2.07-2.1	0.2201	146	0.1739	2547	X-RAY DIFFRACTION	90.95
2.1-2.13	0.1694	120	0.178	2594	X-RAY DIFFRACTION	92.25
2.13-2.16	0.2185	128	0.1707	2590	X-RAY DIFFRACTION	92.2
2.16-2.2	0.2199	144	0.1689	2557	X-RAY DIFFRACTION	92.72
2.2-2.24	0.1967	134	0.1671	2639	X-RAY DIFFRACTION	93.78
2.24-2.28	0.1905	132	0.1671	2628	X-RAY DIFFRACTION	93.69
2.28-2.33	0.2165	137	0.17	2647	X-RAY DIFFRACTION	94.95
2.33-2.38	0.1922	130	0.1718	2691	X-RAY DIFFRACTION	95.43
2.38-2.44	0.2083	141	0.1702	2681	X-RAY DIFFRACTION	96.08
2.44-2.5	0.1904	157	0.172	2712	X-RAY DIFFRACTION	96.79
2.5-2.57	0.1937	140	0.1644	2769	X-RAY DIFFRACTION	97.19
2.57-2.64	0.1864	152	0.1628	2696	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.64-2.73	0.2336	149	0.1684	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.73-2.82	0.1965	146	0.1623	2792	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.82-2.94	0.1939	148	0.1646	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.94-3.07	0.2157	156	0.1649	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.07-3.23	0.2018	137	0.1725	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.23-3.43	0.183	163	0.1657	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.43-3.7	0.1894	156	0.1495	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.7-4.07	0.1742	127	0.1499	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.07-4.66	0.1753	143	0.1557	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.66-5.87	0.2078	157	0.1889	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-6.92	0.1978	159	0.1922	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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