+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e9d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | H102A mutant of IRG1 from bacillus | ||||||
Components | IRG1 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Decarboxylase | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Park, H.H. / Park, H.H. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: H102A mutant of IRG1 from bacillus Authors: Park, H.H. / Park, H.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7e9d.cif.gz | 237.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7e9d.ent.gz | 151.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7e9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e9d | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7braS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 48831.156 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H102A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.32 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M CAPS pH 10.2, 0.2M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→50 Å / Num. obs: 85234 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 21.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.93 Å / Num. unique obs: 85146 / CC1/2: 0.798 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7BRA Resolution: 1.89→40.35 Å / SU ML: 0.1903 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.8225 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→40.35 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|