PDB-7e90: Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7.0E+90

タイトル

Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional regulation / receiver domain / response regulator / VbrR / Vibrio parahaemolyticus

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the activation and DNA interactions of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2021年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e90.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e90.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7e90_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e90_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	7e90_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	7e90_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/7e90	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7e92C 2zwmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6is1-3 6is1-1 1zes-2 6is1-2 6is3-d 6is1-4 3mpo-1 2h75-d 2h72-d 2h6z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

B: DNA-binding response regulator

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.128, 74.128, 108.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...	A	A	2 - 64	8 - 70
1	2	TRP	TRP	ARG	ARG	(chain 'A' and ((resid 2 and (name N or name...	A	A	66 - 116	72 - 122
2	3	LYS	LYS	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or (resid 28...	B	B	2 - 64	8 - 70
2	4	TRP	TRP	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or (resid 28...	B	B	66 - 116	72 - 122

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator 分子量: 13976.006 Da / 分子数: 2 / 断片: receiver domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: C1S91_03975 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R9VV79
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, Tris, lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 14862 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.546 / Num. unique obs: 708 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZWM

2zwm

解像度: 2.25→30 Å / SU ML: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.011
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	722	4.89 %
R_work	0.233	14056	-
obs	0.2346	14056	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1786	0	0	34	1820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0041	1814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	2471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0516	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.319	1109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.43	0.2599	147	0.2554	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.43-2.67	0.2966	146	0.2733	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.67-3.06	0.2878	123	0.2652	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.06-3.85	0.308	125	0.2279	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.85-30	0.2529	181	0.2123	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.07834324049	-0.331723965521	-0.963088022526	3.44754723711	1.10485895365	5.23531885846	-0.155405691608	0.515565965778	0.0788398389477	-0.133601489971	-0.120198998615	0.181663799779	0.0451788970316	-0.305158754614	0.228832532502	0.346960192643	-0.00908947286104	-0.0150014314398	0.355702329816	0.0316789651302	0.248675065707	-15.2304985253	-25.1824505114	9.10054858021
2	7.1028860565	0.908714406114	-1.00757717791	2.67963346834	-1.47770815605	4.53722969351	-0.34194079743	0.940512128772	1.11353371183	-0.694886640667	0.0157897949246	0.171551023693	-0.667495710832	-0.0149989786851	0.149418174911	0.529950056176	0.00107058747808	-0.127427945639	0.323289920257	0.0905116163362	0.483751538522	-11.3666345442	-14.3815234861	10.4373118643
3	2.68245226529	-0.388087850413	-2.13099557332	2.6115011607	-0.269492196629	7.14214053078	0.334329836243	0.0754064434032	0.740578998892	-0.437424910292	-0.2111548326	0.0328385401111	-1.19562683957	0.6317114981	-0.0835750888642	0.611843723309	-0.166752061073	-0.0174036070563	0.478936288975	0.029851826129	0.40880270898	-5.69811685967	-14.6633552242	16.7496068535
4	4.14187036233	0.690491469796	1.14055765579	2.8921642348	1.22534201796	5.95853072821	-0.210019200683	0.0791007134697	0.242822919918	-0.00445308884501	0.0176001271774	0.134069331787	-0.32304552904	0.0636378890567	0.180466000072	0.289520813716	0.00897571354213	0.0370858468237	0.194931457887	0.022847178117	0.189285762424	-8.86913084422	-24.3507687054	23.2299601862
5	4.04712927236	-0.197605063404	-0.828337418435	1.10999690646	-0.996088709629	4.94764443902	-0.233452441394	-0.254988613518	0.0571541690526	0.150629380881	0.145932904098	-0.430537634483	0.352880422107	-0.036637405465	0.100518869305	0.337863241521	0.0629053533461	-0.0102070239556	0.339312123752	-0.105376101063	0.250640955632	-8.43006397952	-22.2085891983	46.9902567046
6	5.86378606249	3.29937443294	-2.33603962782	5.3296562908	-1.61461680083	7.19125394954	0.727523646552	-0.615349804727	0.950452314618	0.638076065983	-0.00741614345923	0.632985255389	-1.00851046723	-0.196952857252	-0.417585792817	0.489244708362	0.0137141228545	0.0964889382113	0.39480113617	-0.175038753219	0.392737312895	-11.6583753905	-17.0677904702	47.1674129526
7	7.74620584754	2.96005910846	-1.28349576279	5.36812874668	-0.669502525135	6.90274033058	-0.20498065586	-0.694887407885	0.600365581038	0.810135206723	0.0929031044614	-0.0889352821003	0.361679231401	-1.64875447174	-0.112272229245	0.518877044082	-0.0466017625553	0.039147141076	0.652799058249	-0.067751499338	0.323756061426	-22.4496505551	-23.4132384479	47.9528945708
8	3.28253378163	0.0596174833958	0.181781697362	3.47153470631	0.865599201147	5.30724643108	-0.0436112543124	-0.36781768626	-0.170094018241	0.510250121234	-0.0853932283031	-0.0570496924477	0.903418575031	-0.410604326016	0.189675082691	0.428240507481	-0.0541721709479	-0.0125595735719	0.460086946247	-0.049425544629	0.241608058804	-17.2410436449	-28.7905921845	42.1222084213
9	5.34420153328	-0.919915091201	0.939719413081	7.17096532667	0.645288099853	7.40468039382	0.340218966132	-0.504539422659	-0.902267952967	1.22875497309	-0.52505049892	0.906657645974	0.494301787781	-1.74929456925	0.290060967896	0.345389024663	-0.15064392794	0.0235432422964	0.823122116011	-0.0932264126286	0.502748495317	-26.233759098	-27.3397836854	38.9534770576
10	3.34587363648	0.618565390668	0.86465096091	4.13840251547	1.21670729522	5.24725277206	-0.344790396952	0.219498483569	-0.398886787218	0.172200615983	0.191310824884	0.182055262795	0.549405096012	-0.674849191217	0.143985703391	0.407932589176	-0.0312450469397	0.016650638092	0.355898896294	7.12685519587E-5	0.235046032001	-14.6259799997	-28.9125275161	33.3869827142
11	2.27514686953	-0.220607562453	1.46395500491	5.24573587384	1.06467691065	8.29938965618	-0.00859800647905	0.00805802999993	1.11270245588	-0.207402238539	-0.23165935328	0.256169770817	-0.628994948847	-0.171034459798	0.10431610598	0.518091781477	0.0584144915406	0.040610123266	0.248598520105	0.0201601949608	0.399994546037	-7.50665504537	-17.8931023967	34.1614766488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 78 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 32 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 33 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 58 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 59 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 70 through 103 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 104 through 116 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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