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- PDB-7e90: Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response r... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7.0E+90 | ||||||
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Title | Crystal structure of the receiver domain (D51E) of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
![]() | DNA-binding response regulator | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / transcriptional regulation / receiver domain / response regulator / VbrR / Vibrio parahaemolyticus | ||||||
Function / homology | ![]() phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of the activation and DNA interactions of the response regulator VbrR from Vibrio parahaemolyticus. Authors: Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 125.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 80.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7e92C ![]() 2zwmS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
#1: Protein | Mass: 13976.006 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receiver domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 400, Tris, lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. obs: 14862 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique obs: 708 / % possible all: 98.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2ZWM Resolution: 2.25→30 Å / SU ML: 0.211 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.011 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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